ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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REFMAC | 5.5.0102精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | CBASS | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→35.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 1.556 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.185 | 1463 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.153 | - | - | - |
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obs | 0.155 | 28772 | 99.98 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 47.94 Å2 / Biso mean: 15.596 Å2 / Biso min: 6.73 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.01 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.095 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.44 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1984 | 0 | 36 | 279 | 2299 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.012 | 0.022 | 2058 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.449 | 1.983 | 2810 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.203 | 5 | 264 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg37.942 | 23.103 | 87 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg10.698 | 15 | 302 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg21.828 | 15 | 19 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.09 | 0.2 | 321 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.007 | 0.021 | 1588 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.645 | 1.5 | 1315 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.174 | 2 | 2101 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.134 | 3 | 743 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it3.58 | 4.5 | 709 | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.232 | 101 | - |
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Rwork | 0.192 | 1998 | - |
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all | - | 2099 | - |
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obs | - | 2874 | 100 % |
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