[日本語] English
万見
- PDB-3nbf: Q28E mutant of hera helicase N-terminal domain bound to 8-oxo-ADP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nbf
タイトルQ28E mutant of hera helicase N-terminal domain bound to 8-oxo-ADP
要素Heat resistant RNA dependent ATPase
キーワードHYDROLASE / rna helicase / ribosome biogenesis / atp hydrolysis / base specificity / thermostability
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / RNA helicase activity / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain ...: / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8OD / Chem-8OP / Heat resistant RNA dependent ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Changing nucleotide specificity of the DEAD-box helicase Hera abrogates communication between the Q-motif and the P-loop.
著者: Strohmeier, J. / Hertel, I. / Diederichsen, U. / Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
履歴
登録2010年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heat resistant RNA dependent ATPase
B: Heat resistant RNA dependent ATPase
C: Heat resistant RNA dependent ATPase
D: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,12513
ポリマ－89,3764
非ポリマー3,7499
水4,774265
1
A: Heat resistant RNA dependent ATPase
B: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4616
ポリマ－44,6882
非ポリマー1,7734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17510 Å2
手法PISA
2
C: Heat resistant RNA dependent ATPase
D: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6647
ポリマ－44,6882
非ポリマー1,9765
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.648, 60.676, 74.085
Angle α, β, γ (deg.)68.90, 77.29, 72.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Heat resistant RNA dependent ATPase


分子量: 22343.938 Da / 分子数: 4 / 断片: n-terminal domain / 変異: Q28E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q72GF3
#2: 化合物
ChemComp-8OD / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-azanyl-8-oxo-7H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate


分子量: 443.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2
#3: 化合物 ChemComp-8OP / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-azanyl-8-oxo-7H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate / 8-ヒドロキシアデノシン5′-りん酸


分子量: 363.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.2M sodium citrate, 0.1M HEPES/NaOH pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.5 Å / Num. obs: 70329 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 2091 / Rsym value: 0.592 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GXS

2gxs


解像度: 1.9→41.512 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 3231 4.98 %random
Rwork0.1841 ---
obs0.1861 64866 88.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.934 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7702 Å2-0.9355 Å24.6631 Å2
2---4.516 Å25.7191 Å2
3---0.7458 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6232 0 240 265 6737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0929048
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1032458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071083
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061128
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.92840.3391140.3254237779
1.9284-1.95850.32611130.3075221972
1.9585-1.99060.35821150.2862228276
1.9906-2.02490.36931270.2922229875
2.0249-2.06180.28871320.2672231578
2.0618-2.10140.34451340.2564246881
2.1014-2.14430.29971190.23255884
2.1443-2.19090.27271340.2212259685
2.1909-2.24190.25681340.2032266087
2.2419-2.2980.25511480.2017264889
2.298-2.36010.24141250.1935276490
2.3601-2.42950.26291400.1988276491
2.4295-2.50790.25811380.1991278592
2.5079-2.59760.28031400.1956282293
2.5976-2.70150.26681610.2012288395
2.7015-2.82450.25891530.2039286895
2.8245-2.97330.22431670.2144289995
2.9733-3.15960.25741400.2107287995
3.1596-3.40340.23781540.1883290695
3.4034-3.74570.21741640.1644289996
3.7457-4.28720.16351650.1329291396
4.2872-5.39960.12811610.121288695
5.3996-41.52160.18791530.1527294697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02470.03280.12191.61420.0820.87480.0239-0.00790.03920.132-0.04350.2398-0.0564-0.16150.02660.12380.01270.00040.231-0.0120.2285-42.2026.1468-16.9869
21.21260.4683-0.08990.2691-0.36590.0818-0.2144-0.3091-0.0517-0.07970.163-0.17590.08110.01470.04030.12960.0742-0.00050.2452-0.0310.1951-8.3424-8.7851-21.4902
31.18210.45470.1572.1488-1.30591.7919-0.0080.1082-0.0659-0.0633-0.0079-0.1124-0.32340.1153-0.00020.2997-0.04180.02910.19-0.04030.1696-34.6787-27.013-41.7483
40.77630.2847-0.40351.1232-0.76111.5278-0.06020.0781-0.0093-0.0861-0.00660.01340.67310.00610.06170.5487-0.051-0.02650.22820.02860.1895-30.63686.9764-56.8436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る