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万見
- PDB-3n2k: TUBULIN-NSC 613862: RB3 Stathmin-like domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n2k
タイトルTUBULIN-NSC 613862: RB3 Stathmin-like domain complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / COLCHICINE DOMAIN / COVALENT BINDING / MICROTUBULE / STATHMIN / TUBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior ...axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior / microtubule depolymerization / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / startle response / locomotory exploration behavior / microtubule polymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to calcium ion / tubulin binding / adult locomotory behavior / synapse organization / intracellular protein transport / neuron migration / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / cerebral cortex development / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / mitotic cell cycle / gene expression / growth cone / neuron apoptotic process / microtubule / hydrolase activity / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / Golgi apparatus / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-K2N / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain / Stathmin-4
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
OVIS ARIES (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Barbier, P. / Dorleans, A. / Devred, F. / Sanz, L. / Allegro, D. / Alfonso, C. / Knossow, M. / Peyrot, V. / Andreu, J.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Stathmin and interfacial microtubule inhibitors recognize a naturally curved conformation of tubulin dimers.
著者: Barbier, P. / Dorleans, A. / Devred, F. / Sanz, L. / Allegro, D. / Alfonso, C. / Knossow, M. / Peyrot, V. / Andreu, J.M.
履歴
登録2010年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,68614
ポリマ－217,0295
非ポリマー2,6569
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17180 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area64910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)326.321, 326.321, 54.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A2 - 243
2111C2 - 243
1211A257 - 439
2211C257 - 439
1121B2 - 273
2121D2 - 273

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 , 3種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 50188.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) OVIS ARIES (ヒツジ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: D0VWZ0
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49969.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) OVIS ARIES (ヒツジ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: D0VWY9
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16712.967 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 遺伝子: STMN4 / プラスミド: PET-8C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63043

-
非ポリマー , 4種, 9分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-K2N / ethyl [(2S)-5-amino-2-methyl-3-phenyl-1,2-dihydropyrido[3,4-b]pyrazin-7-yl]carbamate / NSC-613862


分子量: 325.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG, PIPES BUFFER, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.935
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月10日
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT ESRF MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→30 Å / Num. obs: 28503 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 4→4.1 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.621 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SA0

1sa0


解像度: 4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 47.857 / SU ML: 0.609 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.74 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25012 1435 5.1 %RANDOM
Rwork0.22318 ---
obs0.22461 26934 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 232.743 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20.39 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14054 0 171 0 14225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02114539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7951.95419770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.81451817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.22178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2880.27428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2260.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3240.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3670.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1821.59080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.354214553
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.60635459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9934.55217
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3090tight positional0.060.05
2B2043tight positional0.060.05
1A3090tight thermal0.070.5
2B2043tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 4→4.1 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.369 106
Rwork0.346 1917
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.38162.24480.10623.0856-0.41153.42360.1992-0.8730.97790.0296-0.2499-0.2298-0.45050.28480.05071.2885-0.13480.09761.38860.04011.5965134.9113105.307717.1171
211.20922.527-0.5655.0535-0.99944.1958-0.27190.251-0.5481-0.6732-0.0742-0.17040.4162-0.23540.34611.4118-0.2959-0.12471.73620.13281.0605101.135681.61335.1374
39.89882.5135-0.12064.9297-0.33434.6095-0.30510.393-0.5794-0.85640.2701-0.3328-0.04630.80440.0351.5009-0.2627-0.47471.96260.33661.415663.562161.9056-2.6832
49.59332.7889-0.35996.413-0.51446.4487-0.68650.66880.0989-0.6704-0.5761.17370.4115-0.47181.26241.1164-0.0932-1.32662.22730.0561.577724.496647.8711-6.1837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 601
2X-RAY DIFFRACTION1E4 - 64
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 700
4X-RAY DIFFRACTION2E65 - 89
5X-RAY DIFFRACTION3C2 - 601
6X-RAY DIFFRACTION3E90 - 115
7X-RAY DIFFRACTION4D2 - 700
8X-RAY DIFFRACTION4E116 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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