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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3myr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of [NiFe] hydrogenase from Allochromatium vinosum in its Ni-A state | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / [NiFe] hydrogenase / Allochromatium vinosum / photosynthetic purple-sulfur bacterium / iron-sulfur cluster / Ni-A state | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydrogenase (acceptor) / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ogata, H. / Kellers, P. / Lubitz, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the [NiFe] hydrogenase from the photosynthetic bacterium Allochromatium vinosum: characterization of the oxidized enzyme (Ni-A state). 著者: Ogata, H. / Kellers, P. / Lubitz, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1wuiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 29141.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: DSM 185 / 参照: UniProt: D3RV29, hydrogenase (acceptor) #2: タンパク質 | 分子量: 62048.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: DSM 185 / 参照: UniProt: D3RV26 |
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-非ポリマー , 7種, 1951分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NFV.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NFV.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-SF4 / #4: 化合物 | ChemComp-F3S / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-NFV / #8: 化合物 | ChemComp-MG / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.44 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: Imidazole, sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月24日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48.06 Å / Num. all: 295408 / Num. obs: 295408 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.16 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / 冗長度: 4.22 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 90.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1WUI 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 6.297 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.902 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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