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- PDB-3myr: Crystal structure of [NiFe] hydrogenase from Allochromatium vinos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3myr
タイトルCrystal structure of [NiFe] hydrogenase from Allochromatium vinosum in its Ni-A state
要素
  • Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
  • Nickel-dependent hydrogenase large subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / [NiFe] hydrogenase / Allochromatium vinosum / photosynthetic purple-sulfur bacterium / iron-sulfur cluster / Ni-A state
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / cell envelope / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...hydrogenase (acceptor) / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / cell envelope / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / IMIDAZOLE / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Uptake hydrogenase large subunit / hydrogenase (acceptor)
類似検索 - 構成要素
生物種Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ogata, H. / Kellers, P. / Lubitz, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The crystal structure of the [NiFe] hydrogenase from the photosynthetic bacterium Allochromatium vinosum: characterization of the oxidized enzyme (Ni-A state).
著者: Ogata, H. / Kellers, P. / Lubitz, W.
履歴
登録2010年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
B: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
C: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
D: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
E: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
F: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
G: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
H: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,97934
ポリマ－364,7638
非ポリマー5,21626
水34,6791925
1
A: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
B: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5299
ポリマ－91,1912
非ポリマー1,3397
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8930 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area25550 Å2
手法PISA
2
C: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
D: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4608
ポリマ－91,1912
非ポリマー1,2696
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8790 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area25620 Å2
手法PISA
3
E: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
F: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4608
ポリマ－91,1912
非ポリマー1,2696
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area25300 Å2
手法PISA
4
G: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
H: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5299
ポリマ－91,1912
非ポリマー1,3397
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8910 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
5
A: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
B: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
C: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
D: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,98917
ポリマ－182,3824
非ポリマー2,60813
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23570 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area45320 Å2
手法PISA
6
E: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
F: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
G: Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA
H: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,98917
ポリマ－182,3824
非ポリマー2,60813
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23600 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area44930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.750, 216.960, 119.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12E
22G
13B
23D
14F
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAVALVALAA3 - 2671 - 265
21ALAALAVALVALCC3 - 2671 - 265
12ALAALAVALVALEE3 - 2671 - 265
22ALAALAVALVALGG3 - 2671 - 265
13ARGARGHISHISBB1004 - 15614 - 561
23ARGARGHISHISDD1004 - 15614 - 561
14ARGARGHISHISFF1004 - 15614 - 561
24ARGARGHISHISHH1004 - 15614 - 561

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Hydrogenase (NiFe) small subunit HydA


分子量: 29141.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
株: DSM 185 / 参照: UniProt: D3RV29, hydrogenase (acceptor)
#2: タンパク質
Nickel-dependent hydrogenase large subunit


分子量: 62048.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Allochromatium vinosum (紅色硫黄細菌)
株: DSM 185 / 参照: UniProt: D3RV26

-
非ポリマー , 7種, 1951分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / イミダゾリウム


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-NFV / NI-FE OXIDIZED ACTIVE CENTER


分子量: 210.583 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2NiO2
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1925 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: Imidazole, sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.06 Å / Num. all: 295408 / Num. obs: 295408 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.16 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / 冗長度: 4.22 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
CNS精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WUI

1wui


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 6.297 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16811 15482 5 %RANDOM
Rwork0.138 ---
obs0.13952 294160 100 %-
all-294160 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.902 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å20 Å2
2---1.63 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25641 0 146 1925 27712
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.02226639
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9361.95736213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.91653305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68323.3221216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55153970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.00815196
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3390.23898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02120682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3551.516477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.262226436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.293310162
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5244.59669
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2018MEDIUM POSITIONAL0.270.5
1A2018MEDIUM THERMAL1.82
2E2018MEDIUM POSITIONAL0.260.5
2E2018MEDIUM THERMAL1.542
3B4354MEDIUM POSITIONAL0.250.5
3B4354MEDIUM THERMAL1.722
4F4354MEDIUM POSITIONAL0.270.5
4F4354MEDIUM THERMAL1.322
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 1135 -
Rwork0.175 21552 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41890.05520.10470.41330.0190.339-0.01410.03010.0421-0.02330.01160.0374-0.0252-0.04440.00250.00450.00150.00560.0286-0.00040.0527-34.3972-5.3772-40.9644
20.41340.12190.06290.49630.03210.31490.00070.0927-0.085-0.08110.0251-0.03570.0826-0.0117-0.02570.0384-0.0080.00260.0273-0.03150.0598-31.518-28.2327-48.3914
30.45240.1053-0.00110.4544-0.12820.54920.0525-0.1113-0.06470.1322-0.066-0.1550.01930.05360.01350.0457-0.0209-0.04740.04320.0110.0842-9.0542-12.2768-9.726
40.45420.0830.05720.3955-0.05440.42910.0796-0.2198-0.02580.2378-0.0689-0.00880.0204-0.1128-0.01070.1515-0.0629-0.01170.1406-0.00110.0212-27.8155-16.68954.6123
50.5089-0.07740.19590.5692-0.13230.58480.08050.1422-0.06-0.212-0.0459-0.03320.14280.0605-0.03460.14670.0704-0.02270.0753-0.04410.0437-43.5720.0634-100.6276
60.4196-0.02610.10910.5333-0.09630.42860.04340.0588-0.005-0.1654-0.01670.1240.0469-0.1028-0.02660.08520.0366-0.06330.0739-0.02310.0892-63.544433.0742-97.6531
70.4294-0.05610.24060.3921-0.18410.44670.0222-0.0388-0.0245-0.0066-0.01640.00790.0535-0.0374-0.00580.03260.0143-0.01990.03480.00670.0573-38.218118.4645-60.3587
80.3844-0.11170.19260.4094-0.15510.4723-0.02910.01890.10560.0375-0.0491-0.1352-0.0770.07740.07820.03370.0045-0.03710.04160.01740.1153-23.20537.1302-61.5392
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999
5X-RAY DIFFRACTION5E-10 - 9999
6X-RAY DIFFRACTION6F-10 - 9999
7X-RAY DIFFRACTION7G-10 - 9999
8X-RAY DIFFRACTION8H-10 - 9999

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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