PDB-3mxe: Crystal structure of HIV-1 protease inhibitor, KC32 complexed wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mxe

タイトル

Crystal structure of HIV-1 protease inhibitor, KC32 complexed with wild-type protease

要素

HIV-1 protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / drug design / protease inhibitors / HIV protease / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Nalam, M.N.L. / Schiffer, C.A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure-Based Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationship Studies of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Phenyloxazolidinones.
著者: Ali, A. / Reddy, G.S. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Schiffer, C.A. / Rana, T.M.

履歴

登録	2010年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mxe.cif.gz	94.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mxe.ent.gz	74.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mxe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mxe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3mxdC 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sa7-d 1t7j-d 6pje-d 2qi1-d 1bv9-d 4dqh-d 1mer-d 3qp0-d 1d4j-d 4tvg-d 3o99-d 3dk1-d 6oxp-d 2psv-d 4gb2-d 2nxl-d 1n49-2 3nuj-d 1k6c-d 1qbt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 protease

B: HIV-1 protease

ヘテロ分子

22.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.790, 58.245, 62.014
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HIV-1 protease / Protease / Retropepsin / PR 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 491-589 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-K54 / (5S)-N-{(1S,2R)-3-[(1,3-benzothiazol-6-ylsulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-1-benzyl-2-hydroxypropyl}-2-oxo-3-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,3-oxazolidine-5-carboxamide / (5S)-N-[(1S,2R)-3-[(6-Benzothiazolylsulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl]-2-oxo-3-[2-(trifluoromethyl)phenyl]oxazolidine-5-carboxamide 分子量: 690.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₃F₃N₄O₆S₂ / 詳細: Synthesized in the laboratory
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126 mM sodium phosphate pH6.2, 63mM sodium citrate, 24%-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月1日 / 詳細: osmics mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 16073 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 8.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F7A

1f7a

解像度: 1.85→39.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 5.442 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22327	810	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18037	-	-	-
obs	0.18248	15216	98.37 %	-
all	-	15216	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1490	0	56	116	1662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	2.022	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	3	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.163	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.631	25.254	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.734	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.345	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	913
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.24	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.252	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.203	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.548	1.5	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.127	1.5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.768	2	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.193	3	685
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.811	4.5	592
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.897 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	60	-
R_work	0.237	931	-
obs	-	-	83.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2036	-0.6194	0.1594	4.9898	1.6952	3.4517	-0.2726	-0.4245	0.0731	0.3307	0.2616	0.0332	-0.0062	0.1369	0.011	-0.0036	0.0576	0.021	0.0044	0.0065	-0.1362	20.7992	25.7019	29.4268
2	4.3022	-2.309	1.2493	4.2077	0.6149	3.3081	-0.1588	-0.058	-0.3893	0.2344	0.2176	0.302	0.1808	0.0517	-0.0588	-0.0245	0.0033	0.0404	-0.0758	0.0363	-0.0155	19.8238	17.3983	23.0907
3	1.6757	0.4813	0.3856	2.4165	0.1495	2.8957	-0.0638	-0.0106	-0.1467	-0.0768	-0.0019	-0.0533	-0.0628	-0.0927	0.0657	-0.0209	0.0119	-0.006	-0.0401	0.0089	-0.0529	27.7228	28.3297	18.8802
4	4.9128	0.123	1.0199	4.4009	0.1605	1.7857	0.0631	-0.0716	-0.1613	-0.0778	-0.0122	-0.093	-0.0402	-0.0219	-0.0508	-0.0392	0.0016	0.025	-0.0539	0.0027	-0.0433	13.4107	27.0418	18.7607
5	13.075	-4.6031	-2.0225	3.7617	2.2984	3.3837	-0.2433	-0.4205	0.1831	0.2158	0.1501	-0.521	0.152	0.246	0.0932	-0.0142	-0.0352	-0.0505	-0.0527	0.0367	0.0224	39.6035	30.5741	23.9786
6	33.2807	-11.7205	0.8136	4.8394	1.5102	4.5557	-0.1097	0.078	-1.2128	0.2123	-0.0649	0.1781	-0.0065	-0.2566	0.1746	-0.0646	-0.0319	0.0241	-0.0366	-0.0107	0.0454	0.924	21.5713	17.7411
7	4.4181	2.0015	3.3707	2.2631	0.6741	4.017	0.1783	0.3554	-0.187	-0.0128	0.1007	-0.5933	-0.0284	0.3361	-0.2789	-0.0517	-0.0122	0.0151	-0.0106	0.0099	0.0055	39.3559	30.82	9.4899
8	11.3964	-1.3651	-2.3662	7.7232	2.3848	2.8682	0.1311	0.6904	0.287	-0.1586	0.1081	0.3882	0.1693	-0.4213	-0.2392	-0.0597	-0.0162	-0.005	-0.0118	0.1062	-0.0584	0.2981	34.3168	13.0128
9	14.536	-1.5665	-2.1219	0.6467	0.5025	2.482	0.0845	0.1306	-0.2418	-0.1224	-0.1108	0.0255	0.0544	0.0962	0.0264	-0.0009	0.0131	0.0029	-0.038	-0.001	-0.064	27.7654	30.6713	4.1466
10	9.5358	-1.2454	-0.76	2.2639	-2.0276	2.2134	0.2029	-0.0287	0.0448	-0.0588	0.0275	0.2536	-0.0421	0.057	-0.2304	-0.0106	-0.0034	0.0084	-0.0343	0.0018	-0.0068	12.7392	39.4074	11.5615
11	1.1854	-1.112	-0.2721	5.1718	-1.0459	3.0454	0.0174	0.0619	0.1424	0.1362	-0.0607	0.2148	-0.268	-0.0609	0.0434	-0.0212	-0.0099	-0.0253	-0.0085	-0.0034	-0.0233	29.0677	33.3326	14.252
12	9.1167	-6.329	6.6853	7.0771	-6.8887	6.785	0.2939	0.6362	0.0292	-0.2367	-0.2319	0.0942	0.2615	0.2711	-0.062	-0.0144	0.001	-0.0407	-0.0069	0.0103	-0.0326	10.5474	29.4049	11.8432
13	4.0386	0.0629	0.8579	1.2077	0.8877	0.8158	-0.0932	0.1556	-0.2595	-0.0276	0.0976	0.0344	-0.0879	-0.1339	-0.0044	-0.0009	0.0007	-0.0045	-0.0074	0.0079	0.0009	28.7492	19.3661	19.462
14	4.0471	-0.3643	-2.3725	0.6905	0.5717	1.5858	-0.081	-0.5481	0.1046	0.0791	0.129	0.1717	-0.0666	0.1297	-0.048	-0.0113	0.04	0.0157	0.0306	0.006	-0.0262	11.7581	28.881	26.9979
15	2.894	-6.2316	4.6259	15.2783	-16.1423	27.9389	0.2437	0.1629	-0.5616	-0.5425	-0.4675	-0.4901	0.4531	0.6826	0.2238	-0.107	0.0225	0.0528	0.0407	0.0299	0.0242	38.9319	23.2687	10.4121
16	9.8878	5.9953	-8.5485	6.5574	-8.2606	12.8426	0.3228	-0.1319	0.6065	0.4418	0.085	0.3943	-0.5068	0.0309	-0.4078	-0.0634	0.0286	0.0378	-0.0612	0.0118	0.1017	1.5216	36.5525	20.7829
17	9.8552	2.9648	-6.4748	9.8865	1.4709	19.0248	0.0697	-0.4118	0.3424	0.355	0.0248	-0.373	-0.2631	0.4671	-0.0945	-0.061	-0.013	-0.0678	-0.0768	0.0191	0.0207	37.5736	24.2162	24.3969
18	25.42	-21.4138	8.0397	30.2575	-7.389	16.4213	-0.0925	0.1307	-0.3827	-0.1916	-0.1508	0.3858	0.7389	0.4707	0.2433	-0.0946	0.0005	0.0444	-0.0385	0.0399	-0.0231	2.683	22.9346	24.0988
19	2.6891	-0.7858	1.8533	0.4244	-0.9382	5.3385	-0.0885	0.0289	-0.2822	0.0363	0.0109	-0.1308	-0.0923	-0.0225	0.0777	-0.0313	-0.0064	-0.0065	-0.0406	0.0116	0.0187	35.7728	21.8819	18.3916
20	3.6477	-1.4846	-2.1049	3.0325	-2.4474	5.7105	-0.0193	-0.309	0.115	-0.2584	0.107	0.5346	0.3071	0.1465	-0.0878	-0.0307	0.0054	0.0021	-0.001	0.0064	0.0066	3.9796	28.5324	25.186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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