[日本語] English
万見
- PDB-3mmx: Bacillus anthracis NadD (baNadD) in complex with compound 1_02_3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mmx
タイトルBacillus anthracis NadD (baNadD) in complex with compound 1_02_3
要素nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nicotinate/nicotinamide nucleotide adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / Chem-KJZ / Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.552 Å
データ登録者Huang, N. / Zhang, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Complexes of bacterial nicotinate mononucleotide adenylyltransferase with inhibitors: implication for structure-based drug design and improvement.
著者: Huang, N. / Kolhatkar, R. / Eyobo, Y. / Sorci, L. / Rodionova, I. / Osterman, A.L. / Mackerell, A.D. / Zhang, H.
履歴
登録2010年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年6月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
B: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
C: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
D: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
E: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
F: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
G: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
H: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,96131
ポリマ－176,8848
非ポリマー3,07723
水3,657203
1
A: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
E: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7617
ポリマ－44,2212
非ポリマー5415
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
2
B: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
F: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1998
ポリマ－44,2212
非ポリマー9786
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
3
C: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
H: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8018
ポリマ－44,2212
非ポリマー5806
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
4
D: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
G: nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1998
ポリマ－44,2212
非ポリマー9786
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)295.151, 46.446, 114.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A3 - 31
121chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A33 - 38
131chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A50 - 53
141chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A55 - 56
151chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A59 - 68
161chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A70 - 75
171chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A85 - 93
181chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A96 - 97
191chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A99 - 110
1101chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A113 - 119
1111chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A121 - 135
1121chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A137 - 160
1131chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A163 - 165
1141chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A167 - 174
1151chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A177 - 182
1161chain A and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...A185 - 187
211chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B3 - 31
221chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B33 - 38
231chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B50 - 53
241chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B55 - 56
251chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B59 - 68
261chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B70 - 75
271chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B85 - 93
281chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B96 - 97
291chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B99 - 110
2101chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B113 - 119
2111chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B121 - 135
2121chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B137 - 160
2131chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B163 - 165
2141chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B167 - 174
2151chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B177 - 182
2161chain B and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...B185 - 187
311chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C3 - 31
321chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C33 - 38
331chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C50 - 53
341chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C55 - 56
351chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C59 - 68
361chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C70 - 75
371chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C85 - 93
381chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C96 - 97
391chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C99 - 110
3101chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C113 - 119
3111chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C121 - 135
3121chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C137 - 160
3131chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C163 - 165
3141chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C167 - 174
3151chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C177 - 182
3161chain C and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...C185 - 187
411chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D3 - 31
421chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D33 - 38
431chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D50 - 53
441chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D55 - 56
451chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D59 - 68
461chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D70 - 75
471chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D85 - 93
481chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D96 - 97
491chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D99 - 110
4101chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D113 - 119
4111chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D121 - 135
4121chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D137 - 160
4131chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D163 - 165
4141chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D167 - 174
4151chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D177 - 182
4161chain D and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...D185 - 187
511chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E3 - 31
521chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E33 - 38
531chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E50 - 53
541chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E55 - 56
551chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E59 - 68
561chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E70 - 75
571chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E85 - 93
581chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E96 - 97
591chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E99 - 110
5101chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E113 - 119
5111chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E121 - 135
5121chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E137 - 160
5131chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E163 - 165
5141chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E167 - 174
5151chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E177 - 182
5161chain E and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...E185 - 187
611chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F3 - 31
621chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F33 - 38
631chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F50 - 53
641chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F55 - 56
651chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F59 - 68
661chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F70 - 75
671chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F85 - 93
681chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F96 - 97
691chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F99 - 110
6101chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F113 - 119
6111chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F121 - 135
6121chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F137 - 160
6131chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F163 - 165
6141chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F167 - 174
6151chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F177 - 182
6161chain F and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...F185 - 187
711chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G3 - 31
721chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G33 - 38
731chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G50 - 53
741chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G55 - 56
751chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G59 - 68
761chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G70 - 75
771chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G85 - 93
781chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G96 - 97
791chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G99 - 110
7101chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G113 - 119
7111chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G121 - 135
7121chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G137 - 160
7131chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G163 - 165
7141chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G167 - 174
7151chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G177 - 182
7161chain G and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...G185 - 187
811chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H3 - 31
821chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H33 - 38
831chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H50 - 53
841chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H55 - 56
851chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H59 - 68
861chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H70 - 75
871chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H85 - 93
881chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H96 - 97
891chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H99 - 110
8101chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H113 - 119
8111chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H121 - 135
8121chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H137 - 160
8131chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H163 - 165
8141chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H167 - 174
8151chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H177 - 182
8161chain H and ( resseq 3:31 or resseq 33:38 or...H185 - 187

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Nicotinate mononucleotide ...Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Nicotinate mononucleotide adenylyltransferase / NaMN adenylyltransferase


分子量: 22110.451 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BAMEG_4595, nadD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C3L5T6, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 226分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-KJZ / [(2E)-1-{4-[(2-chlorophenyl)amino]-4-oxobutanoyl}-2-(naphthalen-1-ylmethylidene)hydrazino]acetic acid


分子量: 437.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20ClN3O4
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M potassium citrate, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 51460 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HFJ

3hfj


解像度: 2.552→18.934 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 2619 5.09 %
Rwork0.221 --
obs0.2232 51439 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.093 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.552→18.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11778 0 191 203 12172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09116630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1114504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062092
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1175X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
12B1175X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
13C1175X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.069
14D1175X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.062
15E1175X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.07
16F1175X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
17G1160X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
18H1175X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5517-2.5980.31751170.28752528X-RAY DIFFRACTION99
2.598-2.64780.34681280.29862525X-RAY DIFFRACTION100
2.6478-2.70170.341290.30142560X-RAY DIFFRACTION99
2.7017-2.76030.32141590.30342543X-RAY DIFFRACTION100
2.7603-2.82430.37821430.29172514X-RAY DIFFRACTION100
2.8243-2.89470.3141530.28062573X-RAY DIFFRACTION100
2.8947-2.97270.32341330.2682517X-RAY DIFFRACTION100
2.9727-3.05980.27441460.26362550X-RAY DIFFRACTION100
3.0598-3.15810.33431270.26372557X-RAY DIFFRACTION100
3.1581-3.27040.2961350.26092578X-RAY DIFFRACTION100
3.2704-3.40070.32791400.25032550X-RAY DIFFRACTION100
3.4007-3.55450.3111560.24042575X-RAY DIFFRACTION100
3.5545-3.74050.25261330.21662542X-RAY DIFFRACTION100
3.7405-3.97280.25211160.19422612X-RAY DIFFRACTION100
3.9728-4.27630.22911380.18712591X-RAY DIFFRACTION100
4.2763-4.70070.18971430.15842576X-RAY DIFFRACTION100
4.7007-5.36730.2081420.16112581X-RAY DIFFRACTION100
5.3673-6.71180.21481480.18922651X-RAY DIFFRACTION100
6.7118-18.93410.1971330.17942697X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.96230.0341-1.0222.321-0.32091.1117-0.0152-0.0591-0.026-0.11470.0874-0.03470.04150.2036-0.06440.1972-0.0205-0.01310.1816-0.04040.0772-55.61123.77385.7447
23.37951.3124-1.96092.68210.35251.9813-0.04020.22370.39160.03270.24880.3838-0.1015-0.0987-0.17950.17020.0366-0.00960.14680.0350.2252-16.411121.7182-49.4552
32.83990.3947-0.69812.18660.98632.32520.0069-0.21850.1385-0.04450.18750.06180.0640.1773-0.15940.2178-0.0296-0.04850.24310.01510.27164.66647.5789-30.5968
42.39950.1312-0.14691.9523-0.09172.655-0.06790.0291-0.31840.1184-0.0601-0.24310.0583-0.05650.09920.1451-0.0479-0.04950.2067-0.00710.3185-34.24433.469829.2043
53.4048-0.818-0.60262.5475-1.14061.8861-0.0698-0.4305-0.12720.23350.15760.1861-0.22470.0358-0.05260.1929-0.018-0.01860.1705-0.00290.1211-77.8081-4.201526.8986
64.80370.5154-0.90041.5990.58371.52180.4248-0.2793-0.15630.3272-0.3042-0.2973-0.03310.056-0.13240.3363-0.0427-0.00320.19620.0190.371-39.401711.6983-30.3941
72.1913-0.2247-0.18481.6582-0.48931.5763-0.101-0.3455-0.00540.0297-0.09610.0257-0.1352-0.74880.13170.3368-0.0862-0.01790.5648-0.09640.1167-57.72817.450349.4918
82.45671.0562-2.06652.96181.08561.77820.0004-0.55150.03970.4153-0.19370.29110.2683-0.17790.12770.3321-0.11240.01520.60050.01540.2523-16.66338.3222-7.8492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る