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万見
- PDB-3mdw: The structure of N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase from Pseu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mdw
タイトルThe structure of N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase from Pseudomonas aeruginosa complexed with N-formimino-L-Aspartate
要素N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
キーワードHYDROLASE / Aminohydrolase family / N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


formimidoylglutamate deiminase / formimidoylglutamate deiminase activity / L-histidine catabolic process / L-histidine catabolic process to glutamate and formamide / L-histidine catabolic process to glutamate and formate / deaminase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Formiminoglutamate deiminase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Formiminoglutamate deiminase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(E)-iminomethyl]-L-aspartic acid / PHOSPHATE ION / Formimidoylglutamate deiminase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8979 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Marti-Arbona, R. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structure of N-Formimino-l-glutamate Iminohydrolase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Fedorov, A.A. / Marti-Arbona, R. / Nemmara, V.V. / Hitchcock, D. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Raushel, F.M.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年1月21日Group: Database references
改定 1.32015年1月28日Group: Database references
改定 1.42015年2月11日Group: Database references
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
B: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
C: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
D: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,79615
ポリマ－197,6154
非ポリマー1,18111
水18,9881054
1
A: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7214
ポリマ－49,4041
非ポリマー3183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6293
ポリマ－49,4041
非ポリマー2262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7214
ポリマ－49,4041
非ポリマー3183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7244
ポリマ－49,4041
非ポリマー3213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
B: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3517
ポリマ－98,8072
非ポリマー5435
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA
6
C: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
D: N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4468
ポリマ－98,8072
非ポリマー6386
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area29810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)304.046, 67.247, 98.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
N-formimino-L-Glutamate Iminohydrolase


分子量: 49403.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA5106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HU77

-
非ポリマー , 5種, 1065分子

#2: 化合物
ChemComp-NFQ / N-[(E)-iminomethyl]-L-aspartic acid / N-formimino-L-Aspartate / N-ホルムイミドイル-L-アスパラギン酸


分子量: 160.128 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8N2O4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1054 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 1.4M Sodium Phosphate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8979→39.43 Å / Num. all: 148848 / Num. obs: 148848 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.073

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8979→39.427 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2035 7465 5.02 %RANDOM
Rwork0.1697 ---
all0.1714 148848 --
obs0.1714 148848 94.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.2306 Å20 Å2-0.1447 Å2
2--13.3094 Å2-0 Å2
3----6.0024 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8979→39.427 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13788 0 65 1054 14907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04219203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3595101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8979-1.91950.30681540.2552917X-RAY DIFFRACTION58
1.9195-1.94210.30071720.24583349X-RAY DIFFRACTION69
1.9421-1.96580.27152020.22883652X-RAY DIFFRACTION74
1.9658-1.99070.29021920.22563864X-RAY DIFFRACTION78
1.9907-2.01690.26122180.21594134X-RAY DIFFRACTION84
2.0169-2.04450.26582230.20624437X-RAY DIFFRACTION89
2.0445-2.07370.23182390.18134623X-RAY DIFFRACTION94
2.0737-2.10460.22362670.17534865X-RAY DIFFRACTION98
2.1046-2.13750.212560.17684962X-RAY DIFFRACTION100
2.1375-2.17260.22212470.1784971X-RAY DIFFRACTION100
2.1726-2.210.2292760.16524862X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.25020.22092690.1635000X-RAY DIFFRACTION100
2.2502-2.29350.22762660.16224928X-RAY DIFFRACTION100
2.2935-2.34030.21312500.16464945X-RAY DIFFRACTION100
2.3403-2.39120.21322980.16684932X-RAY DIFFRACTION100
2.3912-2.44680.21542580.1674909X-RAY DIFFRACTION100
2.4468-2.5080.22032650.17894974X-RAY DIFFRACTION100
2.508-2.57580.22762800.18254948X-RAY DIFFRACTION100
2.5758-2.65150.2362550.17434957X-RAY DIFFRACTION100
2.6515-2.73710.20212630.17114982X-RAY DIFFRACTION100
2.7371-2.83490.20362620.17994955X-RAY DIFFRACTION100
2.8349-2.94840.21152590.17024984X-RAY DIFFRACTION100
2.9484-3.08250.21212780.17164966X-RAY DIFFRACTION100
3.0825-3.2450.19432380.16874994X-RAY DIFFRACTION100
3.245-3.44820.17762490.16414992X-RAY DIFFRACTION100
3.4482-3.71420.18172530.15165041X-RAY DIFFRACTION100
3.7142-4.08760.17672880.14374969X-RAY DIFFRACTION100
4.0876-4.67830.13592740.1345003X-RAY DIFFRACTION100
4.6783-5.8910.19152450.15965083X-RAY DIFFRACTION100
5.891-39.43580.16752690.1685185X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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