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- PDB-3lox: HCV NS3-4a protease domain with a ketoamide inhibitor derivative ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lox
タイトルHCV NS3-4a protease domain with a ketoamide inhibitor derivative of Boceprevir bound
要素
  • HCV NS3 Protease
  • HCV NS4a(21-39) peptide
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / NS3 Protease Domain / serine protease / ketoamide inhibitor / ATP-binding / Hydrolase / Membrane / Nucleotide-binding / RNA replication / Transmembrane / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b ...Thrombin, subunit H - #120 / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(1R,2S,5S)-N-[(2S,3R)-4-AMINO-1-CYCLOBUTYL-3-HYDROXY-4-OXOBUTAN-2-YL]-6,6-DIMETHYL-3-{3-METHYL-N-[(1-METHYLCYCLOHEXYL)CARBAMOYL]-L-VALYL}-3-AZABICYCLO[3.1.0]HEXANE-2-CARBOXAMIDE / BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-MCX / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Prongay, A.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: The introduction of P4 substituted 1-methylcyclohexyl groups into Boceprevir: a change in direction in the search for a second generation HCV NS3 protease inhibitor.
著者: Bennett, F. / Huang, Y. / Hendrata, S. / Lovey, R. / Bogen, S.L. / Pan, W. / Guo, Z. / Prongay, A. / Chen, K.X. / Arasappan, A. / Venkatraman, S. / Velazquez, F. / Nair, L. / Sannigrahi, M. / ...著者: Bennett, F. / Huang, Y. / Hendrata, S. / Lovey, R. / Bogen, S.L. / Pan, W. / Guo, Z. / Prongay, A. / Chen, K.X. / Arasappan, A. / Venkatraman, S. / Velazquez, F. / Nair, L. / Sannigrahi, M. / Tong, X. / Pichardo, J. / Cheng, K.C. / Girijavallabhan, V.M. / Saksena, A.K. / Njoroge, F.G.
履歴
登録2010年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年9月19日Group: Non-polymer description
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCV NS3 Protease
B: HCV NS4a(21-39) peptide
C: HCV NS3 Protease
D: HCV NS4a(21-39) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0258
ポリマ－47,2554
非ポリマー7714
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)224.020, 224.020, 75.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HCV NS3 Protease


分子量: 21233.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ELS8
#2: タンパク質・ペプチド HCV NS4a(21-39) peptide


分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 4種, 168分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MCX / (1R,2S,5S)-N-[(2S,3R)-4-amino-1-cyclobutyl-3-hydroxy-4-oxobutan-2-yl]-6,6-dimethyl-3-{3-methyl-N-[(1-methylcyclohexyl)c arbamoyl]-L-valyl}-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide / Boceprevir derivative, bound form


タイプ: Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 561.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H51N5O5
参照: (1R,2S,5S)-N-[(2S,3R)-4-AMINO-1-CYCLOBUTYL-3-HYDROXY-4-OXOBUTAN-2-YL]-6,6-DIMETHYL-3-{3-METHYL-N-[(1-METHYLCYCLOHEXYL)CARBAMOYL]-L-VALYL}-3-AZABICYCLO[3.1.0]HEXANE-2-CARBOXAMIDE
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.01 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4 uL protein solution mixed with 4 uL (0.75-1.00) M NaCl, 0.1 M MES, 0.1 M Na/K PO4, pH 5.6-6.2, suspended over 1 mL reservoir solutions of (1.25-1.50) M NaCl, 0.1 M MES, 0.1 M Na/K PO4, 5 mM ...詳細: 4 uL protein solution mixed with 4 uL (0.75-1.00) M NaCl, 0.1 M MES, 0.1 M Na/K PO4, pH 5.6-6.2, suspended over 1 mL reservoir solutions of (1.25-1.50) M NaCl, 0.1 M MES, 0.1 M Na/K PO4, 5 mM beta-mercaptoethanol, pH 5.6-6.2. The trays were set at 4C for 5-7 days to control nucleation, followed by incubation for 3 weeks at 12C to maximize crystal growth, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 21990 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.65→2.77 Å / Num. unique all: 21990 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR98.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB Entry 208M

208m


解像度: 2.65→8 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1823 -Random
Rwork0.19 ---
all-22189 --
obs-18454 83.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 46 164 2934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.903
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.65-2.770.38871920.3043X-RAY DIFFRACTION172076.4
2.77-2.910.35152060.265X-RAY DIFFRACTION189383.5
2.91-3.080.30742100.2428X-RAY DIFFRACTION205490.2
3.08-3.30.29422440.227X-RAY DIFFRACTION211293.8
3.3-3.60.26632280.1955X-RAY DIFFRACTION220296.2
3.6-4.060.23482520.1677X-RAY DIFFRACTION220197.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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