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万見
- PDB-3llt: Crystal structure of PF14_0431, kinase domain. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3llt
タイトルCrystal structure of PF14_0431, kinase domain.
要素Serine/threonine kinase-1, PfLammer
キーワードTRANSFERASE / lammer kinase / malaria / plasmodium falciparum / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell differentiation / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Protein serine/threonine kinase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Loppnau, P. / MacKenzie, F. / Sullivan, H. / Weadge, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Sinesterra, G. ...Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Loppnau, P. / MacKenzie, F. / Sullivan, H. / Weadge, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Sinesterra, G. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Qiu, W. / Hutchinson, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of PF14_0431, kinase domain.
著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Loppnau, P. / MacKenzie, F. / Sullivan, H. / Weadge, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Sinesterra, G. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. ...著者: Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lin, Y.H. / Loppnau, P. / MacKenzie, F. / Sullivan, H. / Weadge, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Sinesterra, G. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Qiu, W. / Hutchinson, A.
履歴
登録2010年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine kinase-1, PfLammer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8524
ポリマ－42,1911
非ポリマー6613
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.081, 140.081, 52.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine kinase-1, PfLammer


分子量: 42190.973 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 534-875 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: LAMMER, PF14_0431 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q8IL19
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.85 M NH4SO4 0.2 M NaAcet 0.1 M Na Caodylate pH 5.6 5 mM AMPPNP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 20560 / Num. obs: 20417 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.773 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique all: 1904 / Χ2: 1.036 / % possible all: 94.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 55.54 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.66 Å
Translation2.5 Å39.66 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MxDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1z57

1z57


解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.826 / SU B: 8.187 / SU ML: 0.185 / SU R Cruickshank DPI: 0.343 / SU Rfree: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1043 5.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.225 20556 --
obs0.225 20400 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.51 Å2 / Biso mean: 32.812 Å2 / Biso min: 14.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.28 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2776 0 40 43 2859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0222890
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0081.983909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75834847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8175342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45623.984123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.34115538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8371512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2771.51710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0251.5686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.52322772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.51631180
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9044.51137
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 86 -
Rwork0.278 1295 -
all-1381 -
obs-1242 93.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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