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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lgg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human adenosine deaminase growth factor, adenosine deaminase type 2 (ADA2) complexed with transition state analogue, coformycin | ||||||
要素 | Adenosine deaminase CECR1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / TIM barrel / dimerization and receptor binding domains / Glycoprotein / Growth Factor / Secreted | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenosine receptor binding / inosine biosynthetic process / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / adenosine deaminase / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / Surfactant metabolism / proteoglycan binding / growth factor activity / azurophil granule lumen ...adenosine receptor binding / inosine biosynthetic process / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / adenosine deaminase / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / Surfactant metabolism / proteoglycan binding / growth factor activity / azurophil granule lumen / heparin binding / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zavialov, A.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural basis for the growth factor activity of human adenosine deaminase ADA2. 著者: Zavialov, A.V. / Yu, X. / Spillmann, D. / Lauvau, G. / Zavialov, A.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lgg.cif.gz | 205.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lgg.ent.gz | 167.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lgg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lgg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59049.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADA2, CECR1, IDGFL / プラスミド: pRMHa3-ADA2 / 発現宿主: Drosophila (ハエ) / 参照: UniProt: Q9NZK5, adenosine deaminase #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.04 詳細: 40% MPD, 5% PEG 8000, 0.1M cacodylate, 2 mM coformycin, pH 6.04, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.009 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: channel-cut silicon monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.009 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→73.52 Å / Num. obs: 43967 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 40.899 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 9.794 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 6368 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→66.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 8.083 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.477 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.931 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→66.82 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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