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- PDB-3l9x: KefC C-terminal domain in complex with KefF and ESG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l9x
タイトルKefC C-terminal domain in complex with KefF and ESG
要素Glutathione-regulated potassium-efflux system protein kefC, linker, ancillary protein kefF
キーワードTRANSPORT PROTEIN / potassium channel regulation / potassium efflux / glutathione / KTN(RCK) domains
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione-regulated potassium exporter activity / response to methylglyoxal / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / potassium:proton antiporter complex / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / intracellular pH elevation / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of pH ...glutathione-regulated potassium exporter activity / response to methylglyoxal / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / potassium:proton antiporter complex / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / intracellular pH elevation / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of pH / antiporter activity / toxic substance binding / proton transmembrane transport / potassium ion transport / regulation of intracellular pH / response to hydrogen peroxide / response to toxic substance / FMN binding / electron transfer activity / nucleotide binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glutathione-regulated potassium-efflux system ancillary protein KefF / : / Glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefC / K+/H+ exchanger / Potassium uptake protein TrkA / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain ...Glutathione-regulated potassium-efflux system ancillary protein KefF / : / Glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefC / K+/H+ exchanger / Potassium uptake protein TrkA / Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / RCK N-terminal domain profile. / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ESG / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-L9X / Glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefC / Glutathione-regulated potassium-efflux system ancillary protein KefF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Roosild, T.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Mechanism of ligand-gated potassium efflux in bacterial pathogens.
著者: Roosild, T.P. / Castronovo, S. / Healy, J. / Miller, S. / Pliotas, C. / Rasmussen, T. / Bartlett, W. / Conway, S.J. / Booth, I.R.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione-regulated potassium-efflux system protein kefC, linker, ancillary protein kefF
B: Glutathione-regulated potassium-efflux system protein kefC, linker, ancillary protein kefF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,21610
ポリマ－93,1162
非ポリマー2,1018
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11170 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area27700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.949, 85.941, 189.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1147 - 1159 / Label seq-ID: 384 - 396

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutathione-regulated potassium-efflux system protein kefC, linker, ancillary protein kefF / K(+)/H(+) antiporter


分子量: 46557.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
遺伝子: b0047, JW0046, kefC, trkC, b0046, JW0045, kefF, yabF
プラスミド: pHis8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03819, UniProt: P0A754

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非ポリマー , 6種, 252分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ESG / L-gamma-glutamyl-S-[(3S)-1-ethyl-2,5-dioxopyrrolidin-3-yl]-L-cysteinylglycine


分子量: 432.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24N4O8S
#6: 化合物 ChemComp-L9X / L-gamma-glutamyl-S-[(3R)-1-ethyl-2,5-dioxopyrrolidin-3-yl]-L-cysteinylglycine


分子量: 432.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24N4O8S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.5
詳細: 9% PEG 3350, 100mM ammonium sulfate, 100mM Bis-Tris buffer, 50mM magnesium formate, 1mM NAD+, pH 5.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 62001 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / % possible all: 91

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EYW

3eyw


解像度: 2.1→38.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.164 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23567 3110 5 %RANDOM
Rwork0.20281 ---
obs0.20445 58735 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2--1.85 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5398 0 132 244 5774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0215653
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4491.9647668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8685668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60423.162272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.115932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6661542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.23733
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1131.53467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.71425342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58132613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9674.52326
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
52medium positional0.110.5
48loose positional0.475
52medium thermal2.992
48loose thermal4.0910
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 206 -
Rwork0.248 3921 -
obs--89.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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