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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l9r | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of bovine CD1b3 with endogenously bound ligands | |||||||||
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![]() | Immune Response / antigen presentation / cattle / CD1 / Immunoglobulin domain / MHC I | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / DAP12 signaling / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Neutrophil degranulation / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / membrane => GO:0016020 / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zajonc, D.M. / Girardi, E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of bovine CD1b3 with endogenously bound ligands. 著者: Girardi, E. / Wang, J. / Mac, T.T. / Versluis, C. / Bhowruth, V. / Besra, G. / Heck, A.J. / Van Rhijn, I. / Zajonc, D.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 630.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 523.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2h26S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 31660.400 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q1L1H6 #2: タンパク質 | 分子量: 11653.148 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-118 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P01888 |
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-糖 , 3種, 9分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 5種, 521分子 ![](data/chem/img/L9R.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/L9Q.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/L9Q.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日 |
放射 | モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 96734 / Num. obs: 96251 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOLREP 開始モデル: PDB ENTRY 2H26 解像度: 2.3→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 14.855 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.935 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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