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- PDB-3l9r: Crystal structure of bovine CD1b3 with endogenously bound ligands -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l9r
タイトルCrystal structure of bovine CD1b3 with endogenously bound ligands
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • CD1b3
キーワードImmune Response / antigen presentation / cattle / CD1 / Immunoglobulin domain / MHC I
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L9Q / Chem-L9R / Beta-2-microglobulin / CD1b3
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLREP / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zajonc, D.M. / Girardi, E.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of bovine CD1b3 with endogenously bound ligands.
著者: Girardi, E. / Wang, J. / Mac, T.T. / Versluis, C. / Bhowruth, V. / Besra, G. / Heck, A.J. / Van Rhijn, I. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD1b3
B: Beta-2-microglobulin
C: CD1b3
D: Beta-2-microglobulin
E: CD1b3
F: Beta-2-microglobulin
G: CD1b3
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,00632
ポリマ－173,2548
非ポリマー8,75224
水9,116506
1
A: CD1b3
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4566
ポリマ－43,3142
非ポリマー2,1424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
2
C: CD1b3
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4719
ポリマ－43,3142
非ポリマー2,1587
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
3
E: CD1b3
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5157
ポリマ－43,3142
非ポリマー2,2015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
4
G: CD1b3
H: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,56310
ポリマ－43,3142
非ポリマー2,2508
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.533, 139.975, 111.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
CD1b3


分子量: 31660.400 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CD1B3 / プラスミド: pBACp10pH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q1L1H6
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Lactollin


分子量: 11653.148 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-118 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: B2M, beta-2-microglobulin / プラスミド: pBACp10pH
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P01888

-
糖 , 3種, 9分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1040.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-f1_c4-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3-2/a3-b1_a4-c1_a6-e1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 521分子

#6: 化合物 ChemComp-L9R / (2S)-3-(octadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / 1-stearoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine


分子量: 788.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H86NO8P / コメント: SOPC, リン脂質*YM
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-L9Q / (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-stearoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine


分子量: 746.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H80NO8P
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 96734 / Num. obs: 96251 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLREP
開始モデル: PDB ENTRY 2H26

2h26


解像度: 2.3→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 14.855 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24778 4805 5 %RANDOM
Rwork0.20093 ---
obs0.20325 90909 99.44 %-
all-96734 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.935 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å2-0 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11613 0 583 506 12702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02112574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.98617117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38451481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46823.925558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.666151798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.451566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5911.57430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.147211917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9135144
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0514.55200
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 326 -
Rwork0.268 6595 -
obs--98.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54620.05421.97831.39320.66714.83250.0221-0.12350.08080.3040.0117-0.0193-0.17270.1335-0.03370.1213-0.04780.00790.05890.00760.19833.39218.403-65.988
21.9488-0.68860.73465.3978-0.5752.32340.0969-0.0806-0.24720.0879-0.0570.14770.41030.0137-0.03990.15460.0125-0.01540.068-0.03340.156325.952-15.672-77.18
32.7102-0.87120.18474.90282.85875.50020.09980.1215-0.05940.07770.0643-0.56310.62950.5337-0.1640.1160.09680.00330.14040.02750.269544.274-4.543-76.871
42.1772-0.2233-2.06681.43810.56984.54540.03740.13410.0594-0.25910.053-0.03330.19820.2269-0.09040.1060.04620.01330.06990.02690.181329.089-22.252-46.613
52.18041.5151-0.6484.86820.16922.6897-0.03830.04720.3266-0.37310.05060.0884-0.30510.0882-0.01230.13680.00080.00760.0869-0.00980.176623.57312.69-36.818
62.0078-0.39-0.32465.12653.11815.8027-0.0266-0.25590.1965-0.02980.3619-0.8104-0.59850.8843-0.33530.15-0.07270.02350.2815-0.03390.346140.221-0.11-34.058
71.9-0.4067-0.42052.39392.17993.9334-0.0524-0.47890.16220.18460.1267-0.089-0.0902-0.2228-0.07430.06130.0816-0.03670.2301-0.04670.18846.905-40.625-9.731
86.53160.8984-0.56882.11310.66242.65050.1231-0.54920.18740.0769-0.0362-0.2503-0.15030.496-0.0870.0937-0.01120.02650.2071-0.0750.198981.866-46.527-18.907
96.8837-1.2157-4.66552.58870.56086.36770.4852-0.24091.2946-0.3710.0366-0.2933-0.96890.7972-0.52190.2712-0.10040.02940.2481-0.10940.542669.252-29.859-21.897
101.74650.5237-0.73762.2728-2.20574.8821-0.02830.46350.0273-0.17140.0806-0.056-0.11370.2545-0.05230.0534-0.0626-0.01930.22640.01460.194986.84-36.13410.446
114.5018-0.5560.58592.2999-0.73963.12710.03950.2641-0.0898-0.07110.11820.353-0.0034-0.5113-0.15770.06160.00790.02970.18490.07780.199952.993-44.88421.049
127.24040.7526-6.53232.7781-0.89829.58050.49530.83011.04030.32270.22490.3191-1.1293-1.2973-0.72020.2350.20310.04870.2680.1680.362263.118-26.52820.663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E3 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1E500 - 508
3X-RAY DIFFRACTION1M1
4X-RAY DIFFRACTION2E186 - 278
5X-RAY DIFFRACTION3F1 - 98
6X-RAY DIFFRACTION4G3 - 185
7X-RAY DIFFRACTION4G500 - 508
8X-RAY DIFFRACTION4N1 - 2
9X-RAY DIFFRACTION5G186 - 278
10X-RAY DIFFRACTION6H1 - 98
11X-RAY DIFFRACTION7C3 - 185
12X-RAY DIFFRACTION7C500 - 508
13X-RAY DIFFRACTION7K1 - 2
14X-RAY DIFFRACTION8C186 - 278
15X-RAY DIFFRACTION9D1 - 98
16X-RAY DIFFRACTION10A3 - 185
17X-RAY DIFFRACTION10A500 - 508
18X-RAY DIFFRACTION10I1
19X-RAY DIFFRACTION11A186 - 278
20X-RAY DIFFRACTION12B1 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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