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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l6j | ||||||
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タイトル | Structure of cinaciguat (bay 58-2667) bound to nostoc H-NOX domain | ||||||
要素 | Alr2278 protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / GUANYLYL CYCLASE / BAY58-2667 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nostoc sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Martin, F. / van den Akker, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structure of cinaciguat (BAY 58-2667) bound to Nostoc H-NOX domain reveals insights into heme-mimetic activation of the soluble guanylyl cyclase. 著者: Martin, F. / Baskaran, P. / Ma, X. / Dunten, P.W. / Schaefer, M. / Stasch, J.P. / Beuve, A. / van den Akker, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l6j.cif.gz | 87.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l6j.ent.gz | 67.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3l6j_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3l6j_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3l6j_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3l6j_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/3l6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/3l6j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2o09S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21213.643 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: alr2278 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8YUQ7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 1.8M sodium malonate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 27974 / Num. obs: 27835 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 25 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2742 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2O09 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.869 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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