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- PDB-3ken: Human Eg5 in complex with S-trityl-L-cysteine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ken
タイトルHuman Eg5 in complex with S-trityl-L-cysteine
要素Kinesin-like protein KIF11
キーワードMOTOR PROTEIN / cell cycle / kinesin-inhibitor complex / motor domain / L5 loop / ATP-binding / Cell division / Coiled coil / Microtubule / Mitosis / Nucleotide-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / spindle organization / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / spindle organization / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / mitotic spindle / spindle / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cell division / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / N,N-dimethylmethanamine / S-TRITYL-L-CYSTEINE / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Parke, C.L. / Wojcik, E.J. / Kim, S. / Worthylake, D.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Allosteric drug discrimination is coupled to mechanochemical changes in the kinesin-5 motor core.
著者: Kim, E.D. / Buckley, R. / Learman, S. / Richard, J. / Parke, C. / Worthylake, D.K. / Wojcik, E.J. / Walker, R.A. / Kim, S.
履歴
登録2009年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0435
ポリマ－41,1691
非ポリマー8744
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.930, 157.930, 157.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF11 / Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor- ...Kinesin-related motor protein Eg5 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Thyroid receptor-interacting protein 5 / TRIP-5 / Kinesin-like protein 1


分子量: 41168.738 Da / 分子数: 1 / 断片: motor domain of human kinesin Eg5 (residues 1-369) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EG5, KIF11, KNSL1, TRIP5 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52732

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非ポリマー , 5種, 78分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZZD / S-TRITYL-L-CYSTEINE / S-トリチル-L-システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 363.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21NO2S
#4: 化合物 ChemComp-KEN / N,N-dimethylmethanamine / ジメチルアミノメチリジンラジカル


分子量: 59.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9N
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 250 mM NH4SO4, 100 mM MES pH 6.0, 25% PEG 3350, 5-15% glycerol, 10 mM trimethylamine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月13日
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→28.78 Å / Num. all: 22685 / Num. obs: 22664 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.92 % / Biso Wilson estimate: 33.341 Å2 / Rsym value: 0.1188 / Net I/σ(I): 14.18
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.15 % / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique all: 2265 / Rsym value: 0.5101 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
SAINTデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1X88 molecule A

1x88


解像度: 2.5→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 2232 9.8 %random
Rwork0.241 ---
all-22501 --
obs-20269 98.7 %-
溶媒の処理Bsol: 20.597 Å2
原子変位パラメータBiso max: 74.35 Å2 / Biso mean: 25.379 Å2 / Biso min: 3.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2617 0 58 74 2749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.427
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.5-2.610.34192790.3059X-RAY DIFFRACTION2642
2.61-2.750.31292710.2866X-RAY DIFFRACTION2805
2.75-2.920.32882970.2943X-RAY DIFFRACTION2809
2.92-3.150.34862770.2797X-RAY DIFFRACTION2815
3.15-3.460.29062620.2583X-RAY DIFFRACTION2808
3.46-3.960.24092870.2253X-RAY DIFFRACTION2816
3.96-4.990.20972860.1815X-RAY DIFFRACTION2854
4.99-250.25522730.2154X-RAY DIFFRACTION2952
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2adp.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4origstc.param
X-RAY DIFFRACTION5trimethylamine.param
X-RAY DIFFRACTION6CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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