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万見
- PDB-3jut: Acidic Fibroblast Growth Factor (FGF-1) complexed with gentisic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jut
タイトルAcidic Fibroblast Growth Factor (FGF-1) complexed with gentisic acid
要素Heparin-binding growth factor 1
キーワードHORMONE / GROWTH FACTOR / FGF-1 INHIBITORS / Angiogenesis / Developmental protein / Differentiation / Heparin-binding / Mitogen
機能・相同性
機能・相同性情報


mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2b ligand binding and activation ...mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2b ligand binding and activation / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / organ induction / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / S100 protein binding / activation of protein kinase B activity / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / positive regulation of sprouting angiogenesis / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of cell division / positive regulation of intracellular signal transduction / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / PI3K Cascade / anatomical structure morphogenesis / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / Signaling by FGFR2 in disease / Signaling by FGFR1 in disease / lung development / positive regulation of endothelial cell migration / epithelial cell proliferation / neurogenesis / regulation of cell migration / positive regulation of epithelial cell proliferation / growth factor activity / wound healing / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / integrin binding / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of angiogenesis / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / cellular response to heat / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / extracellular matrix / RAF/MAP kinase cascade / angiogenesis / cell cortex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5-dihydroxybenzoic acid / Fibroblast growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Fernandez, I.S. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Gentisic acid, a compound associated with plant defense and a metabolite of aspirin, heads a new class of in vivo fibroblast growth factor inhibitors.
著者: Fernandez, I.S. / Cuevas, P. / Angulo, J. / Lopez-Navajas, P. / Canales-Mayordomo, A. / Gonzalez-Corrochano, R. / Lozano, R.M. / Valverde, S. / Jimenez-Barbero, J. / Romero, A. / Gimenez-Gallego, G.
履歴
登録2009年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heparin-binding growth factor 1
B: Heparin-binding growth factor 1
C: Heparin-binding growth factor 1
D: Heparin-binding growth factor 1
E: Heparin-binding growth factor 1
F: Heparin-binding growth factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8248
ポリマ－88,5166
非ポリマー3082
水41423
1
A: Heparin-binding growth factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9072
ポリマ－14,7531
非ポリマー1541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heparin-binding growth factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9072
ポリマ－14,7531
非ポリマー1541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Heparin-binding growth factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7531
ポリマ－14,7531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Heparin-binding growth factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7531
ポリマ－14,7531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Heparin-binding growth factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7531
ポリマ－14,7531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Heparin-binding growth factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7531
ポリマ－14,7531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.658, 47.685, 98.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.45, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11A
21B
31D
41C
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 130 / Label seq-ID: 1 - 130

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3DD
4CC
5EE
6FF

-
要素

#1: タンパク質
Heparin-binding growth factor 1 / HBGF-1 / Acidic fibroblast growth factor / aFGF / Beta-endothelial cell growth factor / ECGF-beta


分子量: 14752.703 Da / 分子数: 6 / 断片: Heparin-binding, UNP residues 24-153 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRAT-4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P05230
#2: 化合物 ChemComp-GTQ / 2,5-dihydroxybenzoic acid


分子量: 154.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Equal volumes of protein and inhibitor solutions, 0.75 and 1.5 mM,respectively were mixed with drops containing 60% sodium/potassium tartrate buffered with 5 mM sodium phosphate [pH 7.8]. The ...詳細: Equal volumes of protein and inhibitor solutions, 0.75 and 1.5 mM,respectively were mixed with drops containing 60% sodium/potassium tartrate buffered with 5 mM sodium phosphate [pH 7.8]. The drops were equilibrated against 200 ml of 1.3M Li2SO4 and typical crystals grew within two weeks , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→47.7 Å / Num. all: 42342 / Num. obs: 41838 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 5625 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1axm

1axm


解像度: 2.25→37.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 17.715 / SU ML: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27406 2034 5.1 %RANDOM
Rwork0.21587 ---
all0.223 41838 --
obs0.21887 38199 96.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→37.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6227 0 22 23 6272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0226386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1061.9768611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3145773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59724.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.168151146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.661536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.22268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.24038
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2640.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0021.53998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6226205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55832751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6984.52406
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1031 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.635
2Bloose positional0.615
3Dloose positional0.535
4Cloose positional0.535
5Eloose positional0.635
6Floose positional0.725
1Aloose thermal2.5810
2Bloose thermal2.7410
3Dloose thermal2.810
4Cloose thermal3.1610
5Eloose thermal2.6310
6Floose thermal3.6710
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 132 -
Rwork0.275 2818 -
obs--96.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4644-0.3747-0.84157.73723.15975.1230.1372-0.3560.07690.5-0.54320.53040.0949-0.81540.406-0.173-0.07870.003-0.1719-0.0638-0.152455.3843-20.873224.3742
25.78120.1156-0.15614.4663-2.08383.6973-0.01320.085-0.1057-0.1837-0.3111-0.13520.11350.59690.3243-0.17190.001-0.0163-0.23490.0022-0.180676.17063.033323.2038
34.40010.9168-0.31434.32640.26277.1665-0.0340.1368-0.0247-0.0238-0.14940.08490.10270.37690.1834-0.21190.02520.0141-0.18110.0012-0.21325.7691-1.186543.6125
46.18972.1846-0.07364.94670.00845.48620.18220.09760.0085-0.0629-0.1423-0.0566-0.41-0.119-0.0399-0.16670.0237-0.0025-0.203-0.0358-0.226769.484522.9628-2.5875
58.2674-1.54790.05823.1688-0.06925.9473-0.04640.031-0.11260.13650.0630.1710.12520.1117-0.0166-0.12490.06440.0113-0.2113-0.0827-0.15192.2766-14.051217.3272
610.17952.5711-2.34144.5202-0.67187.13610.3959-0.9233-0.16340.1484-0.3134-0.2101-0.19360.4373-0.0825-0.1673-0.1237-0.02640.00630.124-0.140531.30339.842528.5983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 130
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 130
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 130

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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