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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iu9 | ||||||
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タイトル | M. tuberculosis methionine aminopeptidase with Ni inhibitor T07 | ||||||
![]() | Methionine aminopeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / enzyme-inhibitor complex / Aminopeptidase / Cobalt / Metal-binding / Protease | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / cobalt ion binding / metalloaminopeptidase activity / protein processing / iron ion binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, Q.Z. / Lu, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Catalysis and Inhibition of Mycobacterium tuberculosis Methionine Aminopeptidase 著者: Lu, J.P. / Chai, S.C. / Ye, Q.Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 784 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 786.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 31211.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: map, mapB, MT2929, MTV003.07c, Rv2861c / プラスミド: pGEMEX-1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A5J2, UniProt: P9WK19*PLUS, methionyl aminopeptidase |
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-非ポリマー , 5種, 198分子 ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/T07.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/T07.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-T07 / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1.3 M AMS, 15% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 日付: 2009年6月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 32971 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 4.045 / Net I/σ(I): 19.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1YJ3 解像度: 1.75→34.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.197 / WRfactor Rwork: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.887 / SU B: 1.692 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / SU Rfree: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.35 Å2 / Biso mean: 14.566 Å2 / Biso min: 4.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→34.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
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