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万見
- PDB-3i27: Structure of bovine torovirus Hemagglutinin-Esterase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i27
タイトルStructure of bovine torovirus Hemagglutinin-Esterase in complex with receptor
要素Hemagglutinin-esterase
キーワードHYDROLASE / SGNH-hydrolase fold / Swiss roll / Envelope protein / Glycoprotein / Hemagglutinin / Membrane / Transmembrane / Virion / Cell membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / carbohydrate binding / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SID / Hemagglutinin-esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Breda virus serotype 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zeng, Q.H. / Huizinga, E.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural basis for ligand and substrate recognition by torovirus hemagglutinin esterases
著者: Langereis, M.A. / Zeng, Q.H. / Gerwig, G.J. / Frey, B. / von Itzstein, M. / Kamerling, J.P. / de Groot, R.J. / Huizinga, E.G.
履歴
登録2009年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-esterase
B: Hemagglutinin-esterase
C: Hemagglutinin-esterase
D: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,70319
ポリマ－171,0994
非ポリマー6,60415
水18,2311012
1
A: Hemagglutinin-esterase
B: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,66010
ポリマ－85,5502
非ポリマー3,1108
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint35 kcal/mol
Surface area30550 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin-esterase
D: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0449
ポリマ－85,5502
非ポリマー3,4947
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint38 kcal/mol
Surface area30430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.630, 112.890, 273.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 1016分子 ABCD

#1: タンパク質
Hemagglutinin-esterase / HE protein / E3 glycoprotein


分子量: 42774.805 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 15-392 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Breda virus serotype 1 (ウイルス)
株: Breda virus serotype 1 / 遺伝子: HE / プラスミド: S1-Ig / 細胞株 (発現宿主): HEK293S cell line / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C0V9, sialate O-acetylesterase
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1012 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 5種, 15分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-SID / methyl 9-S-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-9-thio-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / methyl 9-S-acetyl-5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-9-thio-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / 5-N-acetyl-9-S-acetyl-9-thioneuraminic acid methyl glycoside / methyl 9-S-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-9-thio-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 9-S-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-9-thio-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 9-S-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-9-thio-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 381.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H23NO9S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M sodium malonate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9732 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 141526 / Num. obs: 141525 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 20262 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I26

3i26


解像度: 2→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.202 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21004 7106 5 %RANDOM
Rwork0.17864 ---
obs0.1802 134416 99.42 %-
all-141522 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.257 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2---0.89 Å20 Å2
3---1.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.132 Å-
Luzzati sigma a-0.093 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11419 0 435 1012 12866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02212266
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.99116784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9663.00719602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10251450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15824.275517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.209151774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1381532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.21858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.621.57278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1611.52904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.098211845
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86434988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9524.54939
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 535 -
Rwork0.234 9711 -
obs-10232 98.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2670.25180.14240.9120.38480.4330.01040.00440.0002-0.0774-0.00770.0331-0.02070.0104-0.00270.02070.0226-0.02240.0482-0.04210.037711.26753.3103-27.5227
20.59540.22640.09290.92880.39320.52680.0841-0.0567-0.04490.0842-0.044-0.03380.07040.0091-0.04010.02080.0017-0.01530.0382-0.01670.0181-13.62260.2142-9.0149
31.1812-0.8194-0.01381.5024-0.07930.77850.08820.15780.0162-0.4179-0.1706-0.02340.00170.1730.08240.2310.0487-0.0460.1416-0.02240.049618.225153.6103-65.5011
40.2944-0.33240.03351.3699-0.09740.3069-0.01730.00480.0087-0.0778-0.03130.0107-0.01770.0290.04860.02210.0136-0.0190.0249-0.01590.02715.579348.8261-34.8342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 384
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 379
3X-RAY DIFFRACTION3C16 - 378
4X-RAY DIFFRACTION4D16 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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