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- PDB-3hzf: Structure of TR-alfa bound to selective thyromimetic GC-1 in C2 s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hzf
タイトルStructure of TR-alfa bound to selective thyromimetic GC-1 in C2 space group
要素Thyroid hormone receptor, alpha isoform 1 variant
キーワードTRANSCRIPTION / NUCLEAR RECEPTOR / LIGAND BINDING DOMAIN / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / female courtship behavior / regulation of lipid catabolic process / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / cartilage condensation ...regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / female courtship behavior / regulation of lipid catabolic process / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / cartilage condensation / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / thyroid gland development / general transcription initiation factor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / hormone-mediated signaling pathway / response to cold / ossification / erythrocyte differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / learning or memory / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B72 / Thyroid hormone receptor alpha / Thyroid hormone receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Aparicio, R. / Bleicher, L. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of GC-1 selectivity for thyroid hormone receptor isoforms.
著者: Bleicher, L. / Aparicio, R. / Nunes, F.M. / Martinez, L. / Gomes Dias, S.M. / Figueira, A.C. / Santos, M.A. / Venturelli, W.H. / da Silva, R. / Donate, P.M. / Neves, F.A. / Simeoni, L.A. / ...著者: Bleicher, L. / Aparicio, R. / Nunes, F.M. / Martinez, L. / Gomes Dias, S.M. / Figueira, A.C. / Santos, M.A. / Venturelli, W.H. / da Silva, R. / Donate, P.M. / Neves, F.A. / Simeoni, L.A. / Baxter, J.D. / Webb, P. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I.
履歴
登録2009年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor, alpha isoform 1 variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3352
ポリマ－31,0061
非ポリマー3281
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.799, 78.777, 43.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thyroid hormone receptor, alpha isoform 1 variant


分子量: 31006.211 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 135-397 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q59FW3, UniProt: P10827*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-B72 / {4-[4-hydroxy-3-(1-methylethyl)benzyl]-3,5-dimethylphenoxy}acetic acid / GC-1


分子量: 328.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.2M sodium acetate, 100mM sodium cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月25日 / 詳細: OSMIC confocal Max-Flux
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.72 Å / Num. all: 9551 / Num. obs: 9092 / % possible obs: 91.61 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.366 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BSX

1bsx


解像度: 2.5→44.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 10.576 / SU ML: 0.234 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.078 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26293 459 4.8 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.19188 9092 91.61 %-
all-9551 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.79 Å20 Å2-2.55 Å2
2---2.55 Å20 Å2
3----1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2107 0 24 19 2150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8131.9912958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8445262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.21097
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7391.51317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44822138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4383871
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8644.5820
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.386 31
Rwork0.214 603
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.6367-0.4138-9.511210.3339-3.63536.34120.25460.7807-0.0944-0.4338-0.3527-0.5088-1.80840.06640.09810.1769-0.06360.04650.20710.0330.25046.3285-29.567121.3871
20.82240.5042-0.47372.968-0.97822.6360.00610.06480.0078-0.00450.01110.0957-0.0388-0.1295-0.01720.00940.03250.00290.1169-0.01210.100220.86381.41269.9598
37.6218-26.405110.22-14.83133.341930.17811.6561-0.0957-1.61790.7234-2.1884-0.3902-2.718-1.42570.53220.192-0.0359-0.04840.2185-0.02850.349721.19029.14926.1605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A145 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2A157 - 407
3X-RAY DIFFRACTION3A1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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