PDB-3hw1: Structure of Bace (beta secretase) in complex with ligand EV2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hw1

タイトル

Structure of Bace (beta secretase) in complex with ligand EV2

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / PROTEASE / ALZHEIMER'S DISEASE / ASPARTIC PROTEASE / ASPARTYL PROTEASE / BASE / BETA-SECRETASE / GLYCOPROTEIN / MEMAPSIN 2 / Amyloid Precursor Protein Secretases / Aspartic Endopeptidases / fragment-based drug design / Fluorescence polarisation / Disulfide bond / Transmembrane / Zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Godemann, R. / Madden, J. / Kramer, J. / Smith, M.A. / Barker, J. / Ebneth, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Fragment-Based Discovery of BACE1 Inhibitors Using Functional Assays
著者: Godemann, R. / Madden, J. / Kramer, J. / Smith, M.A. / Fritz, U. / Hesterkamp, T. / Barker, J. / Hoeppner, S. / Hallett, D. / Cesura, A. / Ebneth, A. / Kemp, J.

履歴

登録	2009年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hw1.cif.gz	230.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hw1.ent.gz	185.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hw1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/3hw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/3hw1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hvgC 2b8lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k8s-1 6dmi-d 6e3z-2 3ckr-1 4k8s-3 4rce-d 4k9h-1 6nw3-3 3ru1-d 3ufl-d 3zov-d 3duy-1 4rcf-d 3duy-2 4ivs-d 4lxm-3 5ie1-d 2zjk-3 5hdz-2 3ixk-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (6) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

138 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	230.625, 99.880, 62.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / BBACE1 / eta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / ...BBACE1 / eta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2 分子量: 45794.371 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 46-453 / 変異: R(-5)K, R(-4)T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-EV2 / 3-pyrrolidin-1-ylquinoxalin-2-amine / 3-ピロリジノキノキサリン-2-アミン分子量: 214.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 10% PEG 4000, 100mM MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月15日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→48.8 Å / Num. all: 47564 / Num. obs: 48552 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 20.736 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 14.82
反射シェル	解像度: 2.48→2.57 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / Num. unique all: 4849 / R_sym value: 0.657 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SLSPX		データ収集
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B8L

2b8l

解像度: 2.48→48.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 32.348 / SU ML: 0.325 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28115	986	2 %	RANDOM
R_work	0.22585	-	-	-
all	0.22703	48570	-	-
obs	0.226	47564	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.736 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.7 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	-5.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→48.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8784	0	54	117	8955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	9073
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.21	1.955	12327
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.17	3	18674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.727	5	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.663	23.771	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.73	15	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.226	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	7984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	4366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.191	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.281	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.104	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.869	2	7126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.093	2	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.075	3	8935
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.45	4	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.145	6	3391

LS精密化シェル

解像度: 2.48→2.544 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.474	70	-
R_work	0.51	3388	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.3461	-2.4637	2.7595	12.9113	-1.7093	6.4646	0.2658	1.1131	0.5961	-2.1984	0.0638	-0.7897	-0.3965	0.7364	-0.3295	0.5385	-0.2031	0.2769	0.2938	-0.0955	-0.1045	-20.693	-85.977	-8.407
2	2.8034	2.7425	0.3313	6.1661	2.6109	3.0124	-0.2063	0.2365	-0.1299	-0.4499	0.4846	-1.0037	-0.2143	0.6313	-0.2782	0.0721	-0.0278	0.1383	0.1563	-0.1199	-0.0232	-15.699	-78.791	7.118
3	7.8327	-16.4819	-2.457	35.3601	3.171	6.6613	-0.2517	0.0581	-1.3917	1.1458	0.5411	-1.0451	0.874	0.7128	-0.2895	0.1049	0.0351	-0.0687	0.2337	-0.239	0.4284	-12.58	-82.498	19.602
4	1.7809	0.0402	0.6617	4.7834	1.1048	1.7124	0.1273	0.0694	-0.4941	0.2264	0.109	-0.4988	0.1289	0.2457	-0.2364	0.0458	0.0149	-0.0009	0.0857	-0.073	-0.1793	-26.744	-103.92	2.221
5	7.7786	-10.28	5.6254	17.9087	-7.5347	10.0101	0.5514	0.0686	-0.8685	-0.1033	-0.2447	0.8972	0.0767	0.1387	-0.3066	-0.0517	0.0002	-0.0085	0.1261	-0.1346	-0.1287	-73.155	-22.55	40.81
6	3.2842	0.6048	-0.4247	3.2017	1.4015	1.8932	0.2623	0.7291	-1.1927	-0.5845	-0.2092	0.7087	0.3892	-0.2608	-0.0531	0.4108	0.1635	-0.216	0.4098	-0.3469	0.3693	-72.464	-38.038	30.485
7	5.769	-7.4517	-0.0169	22.2569	-15.5066	19.0896	1.0072	0.8765	-0.4659	0.1108	-0.9557	0.9275	-0.5707	0.9236	-0.0516	0.633	0.0397	-0.0678	0.5878	-0.3983	0.6518	-65.536	-47.543	25.95
8	2.9374	-0.4494	1.3268	2.3589	0.5401	2.396	0.2481	0.4973	-0.4885	-0.1281	0.0291	-0.3756	0.2419	0.299	-0.2771	0.041	0.1003	0.006	0.1148	-0.1656	0.0125	-52.259	-25.597	44.739
9	8.1999	-6.0115	2.4524	30.5728	-7.2233	5.4478	-0.0675	0.4957	0.3091	-0.5689	-0.1085	-0.3487	0.0452	0.2705	0.1761	-0.0705	-0.0431	0.0101	0.0458	0.0049	-0.4827	-27.012	-61.408	13.943
10	6.2098	1.5927	0.935	1.7943	0.0541	2.3045	-0.1046	0.0852	0.6663	-0.1163	0.0963	0.2941	-0.0847	-0.0576	0.0082	0.0032	-0.035	0.0285	-0.0598	-0.0093	-0.2025	-44.533	-56.665	14.761
11	38.7831	26.9892	2.3575	18.8237	2.0701	4.5466	0.4668	-0.9532	3.2544	1.0642	-0.8022	1.534	-0.6526	0.0851	0.3354	0.1888	0.0665	0.0192	0.1148	-0.1712	0.5988	-52.302	-46.508	19.54
12	4.122	0.8323	0.8874	2.9176	0.3207	1.0706	-0.1695	-0.2678	1.1335	0.1573	-0.0855	0.1583	-0.2259	-0.1095	0.255	0.0189	0.0257	-0.0228	0.048	-0.0834	0.0303	-22.11	-46.427	28.068

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-3 - 0
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	81 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	64 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	147 - 385
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 11
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-4 - 0
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	12 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	81 - 146
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	64 - 80
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	147 - 385
13	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 11
14	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-4 - 0
15	X-RAY DIFFRACTION	10	C	12 - 63
16	X-RAY DIFFRACTION	10	C	81 - 146
17	X-RAY DIFFRACTION	11	C	64 - 80
18	X-RAY DIFFRACTION	12	C	147 - 385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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