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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hfk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 4-methylmuconolactone methylisomerase (H52A) in complex with 4-methylmuconolactone | ||||||
![]() | 4-methylmuconolactone methylisomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / ferredoxin / ferredoxin-like fold / beta-barrel / 4-methylmuconolactone methylisomerase / H52A / biodegradation / ortho-cleavage | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marin, M. / Heinz, D.W. / Pieper, D.H. / Klink, B.U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and catalytic mechanism of 4-methylmuconolactone methylisomerase 著者: Marin, M. / Heinz, D.W. / Pieper, D.H. / Klink, B.U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13576.619 Da / 分子数: 4 / 変異: H52A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MT1 / 遺伝子: mmlI / プラスミド: pASKIBAmmlI / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-4ML / [( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25% PEG 1500, 0.1M MMT, hanging drop, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 数: 298041 / Rmerge(I) obs: 0.113 / D res high: 1.9 Å / D res low: 75.24 Å / Num. obs: 41197 / % possible obs: 99.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.9→75.24 Å / Num. obs: 41197 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.23 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 14.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.15 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3HDS 解像度: 1.9→40.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.38 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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