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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3grj | ||||||
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タイトル | AmpC beta-lactamase in complex with Fragment-based Inhibitor | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Antibiotic resistance / Hydrolase / Periplasm / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Teotico, D.T. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Docking for fragment inhibitors of AmpC beta-lactamase 著者: Teotico, D.G. / Babaoglu, K. / Rocklin, G.J. / Ferreira, R.S. / Giannetti, A.M. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3grj.cif.gz | 160.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3grj.ent.gz | 127 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3grj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3grj_validation.pdf.gz | 490.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3grj_full_validation.pdf.gz | 501.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3grj_validation.xml.gz | 31.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3grj_validation.cif.gz | 44 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3grj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3grj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: pOGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase |
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-非ポリマー , 5種, 260分子
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 400 mM KPi at pH 8.5 with 25% PEG 3350, at 294K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 30971 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Χ2: 3.488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1KE4 解像度: 2.49→45.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 11.017 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.005 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.5 Å2 / Biso mean: 41.99 Å2 / Biso min: 26.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→45.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.49→2.552 Å / Total num. of bins used: 20
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