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- PDB-3goy: Crystal structure of human poly(adp-ribose) polymerase 14, cataly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3goy
タイトルCrystal structure of human poly(adp-ribose) polymerase 14, catalytic fragment in complex with an inhibitor 3-aminobenzamide
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 14
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PARP / POLY(ADP-RIBOSE) POLYMERASE / BAL-2 / SGC / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NAD / TRANSFERASE / Glycosyltransferase / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity ...positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / enzyme binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PARP-14, RNA recognition motif 2 / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. ...PARP-14, RNA recognition motif 2 / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-aminobenzamide / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Karlberg, T. / Moche, M. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. ...Karlberg, T. / Moche, M. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kotenyova, T. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Schuler, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2012
タイトル: Family-wide chemical profiling and structural analysis of PARP and tankyrase inhibitors.
著者: Wahlberg, E. / Karlberg, T. / Kouznetsova, E. / Markova, N. / Macchiarulo, A. / Thorsell, A.G. / Pol, E. / Frostell, A. / Ekblad, T. / Oncu, D. / Kull, B. / Robertson, G.M. / Pellicciari, R. ...著者: Wahlberg, E. / Karlberg, T. / Kouznetsova, E. / Markova, N. / Macchiarulo, A. / Thorsell, A.G. / Pol, E. / Frostell, A. / Ekblad, T. / Oncu, D. / Kull, B. / Robertson, G.M. / Pellicciari, R. / Schuler, H. / Weigelt, J.
履歴
登録2009年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32012年3月21日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0198
ポリマ－88,4744
非ポリマー5454
水00
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2552
ポリマ－22,1191
非ポリマー1361
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2552
ポリマ－22,1191
非ポリマー1361
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2552
ポリマ－22,1191
非ポリマー1361
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2552
ポリマ－22,1191
非ポリマー1361
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.750, 144.270, 79.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1532:1618 or resseq 1627:1720 )
211chain B and (resseq 1532:1618 or resseq 1627:1720 )
311chain C and (resseq 1532:1618 or resseq 1627:1720 )
411chain D and (resseq 1532:1618 or resseq 1627:1720 )

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要素

#1: タンパク質
Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14 / B aggressive lymphoma protein 2


分子量: 22118.590 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, residues 1530-1720 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAL2, KIAA1268, PARP14 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: Q460N5, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-3AB / 3-aminobenzamide / 3-アミノベンズアミド


分子量: 136.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Sodium-malonate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日 / 詳細: Focusing mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. all: 22380 / Num. obs: 22380 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1657 / Rsym value: 0.678 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BLJ

3blj


解像度: 2.8→24.558 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2925 1119 5 %chosen to obey the highest possible symmetry of the lattice
Rwork0.2526 ---
all0.2546 22379 --
obs0.2546 22379 98.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.715 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.5769 Å2-0 Å210.6742 Å2
2---12.9254 Å2-0 Å2
3---9.2231 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.558 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5794 0 40 0 5834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0070.0486001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.9566.1358177
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1437X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1437X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.034
13C1428X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.032
14D1437X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.92730.39821390.33442644X-RAY DIFFRACTION99
2.9273-3.08130.34621390.31282637X-RAY DIFFRACTION98
3.0813-3.2740.35611370.28722619X-RAY DIFFRACTION98
3.274-3.52610.30791400.24642649X-RAY DIFFRACTION99
3.5261-3.87970.25691400.2352670X-RAY DIFFRACTION99
3.8797-4.43820.26221410.22252667X-RAY DIFFRACTION99
4.4382-5.58090.24781390.22322653X-RAY DIFFRACTION99
5.5809-24.55860.29471440.25292721X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55960.07340.1391.21440.59150.21340.0158-0.0518-0.0264-0.0729-0.21740.56-0.0338-0.16670.10891.35940.02320.03780.9904-0.10720.021318.59840.403538.5019
21.3626-0.994-0.35640.9038-0.05390.3729-0.01510.03210.33980.1530.1484-0.27260.1528-0.02160.02290.2701-0.0033-0.09630.12-0.02550.163111.41438.705477.3503
31.00361.8062-0.04084.63051.0151.89290.1381-0.0090.4179-0.8741-0.16641.303-0.1030.3720.24311.49450.1088-0.37560.84220.10610.42058.311338.205238.907
40.58860.2894-0.10911.94060.0438-0.0793-0.2498-0.02380.0416-0.29070.1460.5421-0.06230.12850.13430.2581-0.009-0.27910.00960.0670.24760.693446.395277.9648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:2000)
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 1:2000)
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resid 1:2000)
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resid 1:2000)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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