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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g2y | |||||||||
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タイトル | CTX-M-9 class A beta-lactamase complexed with compound 1 (GF4) | |||||||||
![]() | Beta-lactamase CTX-M-9a | |||||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CTX-M / beta-lactamase / molecular docking / fragment / inhibitor / Antibiotic resistance / Hydrolase / Plasmid / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chen, Y. / Shoichet, B.K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular docking and ligand specificity in fragment-based inhibitor discovery 著者: Chen, Y. / Shoichet, B.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 228.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 182.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27955.463 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 29-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.94 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: Potassium Phosphate, pH 8.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月11日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.31→50 Å / Num. obs: 96638 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1YLJ 解像度: 1.31→23.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.213 / WRfactor Rwork: 0.183 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.898 / SU B: 1.629 / SU ML: 0.032 / SU R Cruickshank DPI: 0.068 / SU Rfree: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.74 Å2 / Biso mean: 13.034 Å2 / Biso min: 2.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.31→23.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.31→1.345 Å / Total num. of bins used: 20
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