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- PDB-3g0y: Structure of E. coli FabF(C163Q) in complex with dihydroplatensimycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g0y
タイトルStructure of E. coli FabF(C163Q) in complex with dihydroplatensimycin
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
キーワードTRANSFERASE / ketoacyl synthase / antibiotic / Acyltransferase / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongation, saturated fatty acid / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / response to cold / fatty acid biosynthetic process / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P9A / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Soisson, S.M. / Parthasarathy, G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Synthesis and biological evaluation of platensimycin analogs.
著者: Shen, H.C. / Ding, F.X. / Singh, S.B. / Parthasarathy, G. / Soisson, S.M. / Ha, S.N. / Chen, X. / Kodali, S. / Wang, J. / Dorso, K. / Tata, J.R. / Hammond, M.L. / Maccoss, M. / Colletti, S.L.
履歴
登録2009年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02021年10月20日Group: Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1062
ポリマ－44,6621
非ポリマー4431
水3,297183
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2124
ポリマ－89,3252
非ポリマー8872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area7520 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area25260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.032, 76.032, 147.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-420-

HOH

21A-494-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / Beta-ketoacyl-ACP synthase II / KAS II


分子量: 44662.289 Da / 分子数: 1 / 変異: C163Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b1095, fabF, fabJ, JW1081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AAI5, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II
#2: 化合物 ChemComp-P9A / 3-({3-[(1S,4aS,6S,7S,9S,9aR)-1,6-dimethyl-2-oxodecahydro-6,9-epoxy-4a,7-methanobenzo[7]annulen-1-yl]propanoyl}amino)-2,4-dihydroxybenzoic acid / 2,4-ジヒドロキシ-3-[3-[(1S,8aβ)-3,8-ジメチル-7-オキソ-1α,3α,4aα-[1,2,3]プ(以下略)


分子量: 443.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29NO7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 19-24% PEG 8000, 0.1M Tris, 10mM BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→66 Å / Num. obs: 15631 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 59.152 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 22.874
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.6-2.696.70.48496.8
2.69-2.870.39399.7
2.8-2.9370.27699.9
2.93-3.087.10.22100
3.08-3.287.10.148100
3.28-3.537.20.103100
3.53-3.887.20.078100
3.88-4.457.20.06299.5
4.45-5.67.20.05198.2
5.6-506.80.04495.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
TNT精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
BUSTER-TNT2.1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2GFX

2gfx


解像度: 2.6→65.94 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 781 5.01 %RANDOM
Rwork0.1784 ---
obs0.1811 15594 98.65 %-
all-15789 --
原子変位パラメータBiso mean: 41.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.78471477 Å20 Å20 Å2
2---4.78471477 Å20 Å2
3---9.56942954 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→65.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3008 0 32 183 3223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01130962
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.40641822
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d22.3995540
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.003778
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0124668
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.892309620
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.076565
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 120 5.01 %
Rwork0.2135 2277 -
all0.218 2397 -
obs--98.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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