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万見
- PDB-3ft5: Structure of HSP90 bound with a novel fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ft5
タイトルStructure of HSP90 bound with a novel fragment
要素Heat shock protein HSP 90-alpha
キーワードCHAPERONE / HSP90 N-terminal nucleotide binding domain / Alternative splicing / ATP-binding / Cytoplasm / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tau-protein kinase activity / sperm mitochondrial sheath / dATP binding / Scavenging by Class F Receptors / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane ...positive regulation of tau-protein kinase activity / sperm mitochondrial sheath / dATP binding / Scavenging by Class F Receptors / sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane / chaperone-mediated autophagy / telomerase holoenzyme complex assembly / protein insertion into mitochondrial outer membrane / Respiratory syncytial virus genome replication / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Uptake and function of diphtheria toxin / mitochondrial transport / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / TPR domain binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / dendritic growth cone / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / skeletal muscle contraction / Signaling by ERBB2 / telomere maintenance via telomerase / HSF1-dependent transactivation / positive regulation of cell size / response to unfolded protein / protein unfolding / chaperone-mediated protein complex assembly / HSF1 activation / regulation of protein-containing complex assembly / Attenuation phase / RHOBTB2 GTPase cycle / eNOS activation / axonal growth cone / positive regulation of lamellipodium assembly / DNA polymerase binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / positive regulation of defense response to virus by host / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / cardiac muscle cell apoptotic process / endocytic vesicle lumen / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / response to salt stress / positive regulation of cardiac muscle contraction / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / activation of innate immune response / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of interferon-beta production / response to cold / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / AURKA Activation by TPX2 / lysosomal lumen / ESR-mediated signaling / protein tyrosine kinase binding / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / VEGFR2 mediated vascular permeability / Constitutive Signaling by EGFRvIII / response to cocaine / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / brush border membrane / ATP-dependent protein folding chaperone / Downregulation of ERBB2 signaling / neuron migration / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / tau protein binding / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to virus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / histone deacetylase binding / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of protein import into nucleus / response to estrogen / positive regulation of protein catabolic process / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / regulation of protein localization / disordered domain specific binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MO8 / Heat shock protein HSP 90-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Barker, J.B. / Mather, O. / Cheng, R.K.Y. / Palan, S. / Felicetti, B.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2009
タイトル: Fragment-based Identification of Hsp90 Inhibitors.
著者: Barker, J.J. / Barker, O. / Boggio, R. / Chauhan, V. / Cheng, R.K. / Corden, V. / Courtney, S.M. / Edwards, N. / Falque, V.M. / Fusar, F. / Gardiner, M. / Hamelin, E.M. / Hesterkamp, T. / ...著者: Barker, J.J. / Barker, O. / Boggio, R. / Chauhan, V. / Cheng, R.K. / Corden, V. / Courtney, S.M. / Edwards, N. / Falque, V.M. / Fusar, F. / Gardiner, M. / Hamelin, E.M. / Hesterkamp, T. / Ichihara, O. / Jones, R.S. / Mather, O. / Mercurio, C. / Minucci, S. / Montalbetti, C.A. / Muller, A. / Patel, D. / Phillips, B.G. / Varasi, M. / Whittaker, M. / Winkler, D. / Yarnold, C.J.
履歴
登録2009年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1412
ポリマ－27,9591
非ポリマー1811
水2,846158
1
A: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子

A: Heat shock protein HSP 90-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2814
ポリマ－55,9192
非ポリマー3632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.083, 89.009, 99.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein HSP 90-alpha / HSP 86 / Renal carcinoma antigen NY-REN-38


分子量: 27959.336 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AA1, HSP90A, HSPC1, HSPCA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P07900
#2: 化合物 ChemComp-MO8 / 4-methyl-7,8-dihydro-5H-thiopyrano[4,3-d]pyrimidin-2-amine


分子量: 181.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11N3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM sodium cacodylate pH 6.5, 19-23% PEG2000 monoethylether, 175 -225mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→66.4 Å / Num. obs: 22857 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.78 % / Biso Wilson estimate: 27.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.53 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→66.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.498 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26383 1185 5.2 %RANDOM
Rwork0.21833 ---
obs0.22061 21677 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.184 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å20 Å2
2--1.32 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→66.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1631 0 12 158 1801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.341.9712250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6145205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1925.275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.20615308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.647157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8141.51023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48221653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3153646
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8534.5597
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 82 -
Rwork0.338 1400 -
obs--88.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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