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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fjz | ||||||
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タイトル | E. coli EPSP synthase (T97I) liganded with S3P and glyphosate | ||||||
要素 | 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / inside-out alpha-beta barrel / Amino-acid biosynthesis / Aromatic amino acid biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / shikimate kinase activity / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Structural Basis of Glyphosate Resistance Resulting from the Double Mutation Thr97 -> Ile and Pro101 -> Ser in 5-Enolpyruvylshikimate-3-phosphate Synthase from Escherichia coli. 著者: Funke, T. / Yang, Y. / Han, H. / Healy-Fried, M. / Olesen, S. / Becker, A. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fjz.cif.gz | 107.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fjz.ent.gz | 80.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fjz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/3fjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/3fjz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46153.668 Da / 分子数: 1 / 断片: EPSP synthase / 変異: Thr97Ile / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aroA, b0908, JW0891 / プラスミド: pET-24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A6D3, 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 516分子
#2: 化合物 | ChemComp-SER / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-GPF / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-S3P / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-FMT / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Na-formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月7日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 47887 / Num. obs: 47887 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.097 / Mean I/σ(I) obs: 11.3 / Num. unique all: 3678 / % possible all: 92.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 1g6s 解像度: 1.7→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 39.508 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.22 Å2 / Biso mean: 15.133 Å2 / Biso min: 5.84 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 1.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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