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万見
- PDB-3f7b: Crystal Structure of soluble domain of CA4 in complex with small ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7b
タイトルCrystal Structure of soluble domain of CA4 in complex with small molecule.
要素Carbonic anhydrase 4
キーワードLYASE / Structure-based drug design. Small molecule complex. CO-CRYSTAL. / Cell membrane / Disease mutation / Glycoprotein / GPI-anchor / Lipoprotein / Membrane / Metal-binding / Retinitis pigmentosa / Sensory transduction / Vision / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


bicarbonate transport / transport vesicle membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / rough endoplasmic reticulum / secretory granule membrane / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / brush border membrane / trans-Golgi network ...bicarbonate transport / transport vesicle membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / rough endoplasmic reticulum / secretory granule membrane / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / brush border membrane / trans-Golgi network / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / one-carbon metabolic process / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, CA4/CA15 / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. ...Carbonic anhydrase, CA4/CA15 / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AG5 / Carbonic anhydrase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Greasley, S.E. / Ferre, R.A.A. / Pauly, T.A. / Paz, R.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Thioether benzenesulfonamide inhibitors of carbonic anhydrases II and IV: structure-based drug design, synthesis, and biological evaluation.
著者: Vernier, W. / Chong, W. / Rewolinski, D. / Greasley, S. / Pauly, T. / Shaw, M. / Dinh, D. / Ferre, R.A. / Nukui, S. / Ornelas, M. / Reyner, E.
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 4
B: Carbonic anhydrase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6876
ポリマ－60,7292
非ポリマー9584
水4,738263
1
A: Carbonic anhydrase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8433
ポリマ－30,3641
非ポリマー4792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carbonic anhydrase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8433
ポリマ－30,3641
非ポリマー4792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.910, 128.556, 46.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-491-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 4 / Carbonic anhydrase IV / CA-IV / Carbonate dehydratase IV


分子量: 30364.473 Da / 分子数: 2 / 断片: Soluble Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22748, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AG5 / N-(2-phenylethyl)-2-(phenylsulfanyl)-5-sulfamoylpyridine-3-carboxamide


分子量: 413.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N3O3S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Na Acetate, 0.32M Ammonium sulfate , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→19.68 Å / Num. obs: 41673 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.56 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique all: 4299 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.4.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZNC

1znc


解像度: 2.05→19.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.915 / SU ML: 0.108 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25197 2094 5 %RANDOM
Rwork0.19062 ---
all0.2091 39564 --
obs0.19368 39564 91.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20.69 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4002 0 58 263 4323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0721.9685620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2875493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.50125186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2815719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2681515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3711.52510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.37224050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.67331646
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7414.51570
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 147 -
Rwork0.285 3045 -
obs--94.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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