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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f6x | ||||||
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タイトル | c-Src kinase domain in complex with small molecule inhibitor | ||||||
![]() | Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Kinase / ATP-Binding / Alternative splicing / Lipoprotein / Myristate / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Proto-oncogene / SH2 domain / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell junction / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / cytoskeleton / endosome membrane / cell adhesion / regulation of cell cycle / cell cycle / phosphorylation / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seeliger, M.A. / Statsuk, A.V. / Maly, D.J. / Patrick, P.Z. / Kuriyan, J. / Shokat, K.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tuning a three-component reaction for trapping kinase substrate complexes. 著者: Statsuk, A.V. / Maly, D.J. / Seeliger, M.A. / Fabian, M.A. / Biggs, W.H. / Lockhart, D.J. / Zarrinkar, P.P. / Kuriyan, J. / Shokat, K.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 225.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 181.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2oiqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32726.645 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 251-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase #2: 化合物 | ChemComp-IHH / [ #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.07 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 10 % glycerol, 25 mM ammonium acetate, 50 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 58518 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 5894 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 93.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2OIQ 解像度: 2.35→34.99 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.6 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→34.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å
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