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万見
- PDB-3eq8: Prolyl oligopeptidase complexed with R-Pro-(decarboxy-Pro)-Type i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eq8
タイトルProlyl oligopeptidase complexed with R-Pro-(decarboxy-Pro)-Type inhibitors
要素Prolyl endopeptidase
キーワードHydrolase/Hydrolase inhibitor / Hydrolase / Protease / Serine protease / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prolyl oligopeptidase / oligopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X98 / Prolyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Kanai, K. / Aranyi, P. / Bocskei, Z. / Ferenczy, G. / Harmat, V. / Simon, K. / Naray-Szabo, G. / Hermecz, I.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Prolyl oligopeptidase inhibition by N-acyl-pro-pyrrolidine-type molecules
著者: Kanai, K. / Aranyi, P. / Bocskei, Z. / Ferenczy, G. / Harmat, V. / Simon, K. / Batori, S. / Naray-Szabo, G. / Hermecz, I.
履歴
登録2008年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年1月18日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3092
ポリマ－80,8641
非ポリマー4451
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.230, 101.500, 112.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Prolyl endopeptidase / prolyl oligopeptidase / PE / Post-proline cleaving enzyme


分子量: 80864.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: muscle / 参照: UniProt: P23687, prolyl oligopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-X98 / 1-{3-oxo-3-[(2S)-2-(pyrrolidin-1-ylcarbonyl)pyrrolidin-1-yl]propyl}-3-phenylquinoxalin-2(1H)-one


分子量: 444.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17% MPEG 5000, 15% glycerol, 20mM calcium acetate, 0.1M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月28日 / 詳細: capillary collimator
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.724→34.378 Å / Num. obs: 21070 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 47.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.724→2.88 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Num. unique all: 3047 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
bioteXデータ収集
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1QFS

1qfs


解像度: 2.73→34.03 Å
Isotropic thermal model: Grouped isotropic B-factors, 2 B-values/residue
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2533 2108 RANDOM
Rwork0.1768 --
obs0.1768 21066 -
all-21066 -
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2729 Å / Luzzati sigma a obs: 0.3156 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→34.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5645 0 33 99 5777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.718
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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