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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eml | ||||||
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タイトル | The 2.6 A Crystal Structure of a Human A2A Adenosine Receptor bound to ZM241385. | ||||||
要素 | Human Adenosine A2A receptor/T4 lysozyme chimera | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / RECEPTOR (受容体) / adenosine (アデノシン) / caffeine (カフェイン) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / LCP / mesophase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / GPCR Network | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / 知覚 / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic transmission, dopaminergic / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / 循環器 / response to caffeine / 中間径フィラメント / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / 脱分極 / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / : / cellular defense response / prepulse inhibition / 食作用 / viral release from host cell by cytolysis / response to amphetamine / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / peptidoglycan catabolic process / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / locomotory behavior / central nervous system development / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / astrocyte activation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / 凝固・線溶系 / cell wall macromolecule catabolic process / cell-cell signaling / リゾチーム / presynaptic membrane / lysozyme activity / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / host cell cytoplasm / calmodulin binding / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / 樹状突起 / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Jaakola, V.-P. / Griffith, M.T. / Hanson, M.A. / Cherezov, V. / Chien, E.Y.T. / Lane, J.R. / Ijzerman, A.P. / Stevens, R.C. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) / GPCR Network (GPCR) | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2008 タイトル: The 2.6 Angstrom Crystal Structure of a Human A2A Adenosine Receptor Bound to an Antagonist. 著者: Jaakola, V.P. / Griffith, M.T. / Hanson, M.A. / Cherezov, V. / Chien, E.Y. / Lane, J.R. / Ijzerman, A.P. / Stevens, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eml.cif.gz | 109.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3eml.ent.gz | 81.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eml.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3eml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3eml | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2rh1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54739.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) プラスミド: pBac5b 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P29274, UniProt: P00720 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZMA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-STE / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 13 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 % 解説: THIS STRUCTURE IS A PART OF THE ROADMAP/PSI COMMUNITY OUTREACH PROGRAM, NOT A SPECIFIC PSI TARGET. |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: PEG400 30%v/v, LiSO4 185mM, NaCitrate 100mM, pH 6.5, Lipidic mesophase, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月28日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 18465 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 7.35 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2RH1 解像度: 2.6→19.42 Å / SU ML: 0.43 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 78.49 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.42 Å
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LS精密化 シェル |
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