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万見
- PDB-3eml: The 2.6 A Crystal Structure of a Human A2A Adenosine Receptor bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eml
タイトルThe 2.6 A Crystal Structure of a Human A2A Adenosine Receptor bound to ZM241385.
要素Human Adenosine A2A receptor/T4 lysozyme chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RECEPTOR / adenosine / caffeine / GPCR / LCP / mesophase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D / GPCR Network
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / sensory perception / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / intermediate filament / positive regulation of glutamate secretion / presynaptic active zone / positive regulation of urine volume / blood circulation / response to caffeine / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / alpha-actinin binding / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / membrane depolarization / prepulse inhibition / cellular defense response / phagocytosis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / viral release from host cell by cytolysis / neuron projection morphogenesis / peptidoglycan catabolic process / astrocyte activation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / central nervous system development / response to amphetamine / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / positive regulation of apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / excitatory postsynaptic potential / synaptic transmission, glutamatergic / apoptotic signaling pathway / locomotory behavior / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / blood coagulation / lysozyme / lysozyme activity / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / host cell cytoplasm / postsynaptic membrane / calmodulin binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme ...Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
STEARIC ACID / Chem-ZMA / Endolysin / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jaakola, V.-P. / Griffith, M.T. / Hanson, M.A. / Cherezov, V. / Chien, E.Y.T. / Lane, J.R. / Ijzerman, A.P. / Stevens, R.C. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D) / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: The 2.6 Angstrom Crystal Structure of a Human A2A Adenosine Receptor Bound to an Antagonist.
著者: Jaakola, V.P. / Griffith, M.T. / Hanson, M.A. / Cherezov, V. / Chien, E.Y. / Lane, J.R. / Ijzerman, A.P. / Stevens, R.C.
履歴
登録2008年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年8月8日Group: Other
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human Adenosine A2A receptor/T4 lysozyme chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,17214
ポリマ－54,7401
非ポリマー2,43213
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.736, 76.932, 86.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Human Adenosine A2A receptor/T4 lysozyme chimera


分子量: 54739.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
プラスミド: pBac5b
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: P00720
#2: 化合物 ChemComp-ZMA / 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385


分子量: 337.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O2 / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物
ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 13

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
解説: THIS STRUCTURE IS A PART OF THE ROADMAP/PSI COMMUNITY OUTREACH PROGRAM, NOT A SPECIFIC PSI TARGET.
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: PEG400 30%v/v, LiSO4 185mM, NaCitrate 100mM, pH 6.5, Lipidic mesophase, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 18465 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 7.35
反射 シェル解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceAPSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RH1

2rh1


解像度: 2.6→19.42 Å / SU ML: 0.43 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 937 5.08 %
Rwork0.196 --
obs0.198 18461 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 78.49 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3521 0 160 76 3757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.73670.30541400.26232411X-RAY DIFFRACTION94
2.7367-2.90770.28161200.2492472X-RAY DIFFRACTION96
2.9077-3.13130.31271430.23232510X-RAY DIFFRACTION98
3.1313-3.44480.23291450.21662477X-RAY DIFFRACTION97
3.4448-3.93970.1951420.17942533X-RAY DIFFRACTION98
3.9397-4.950.2071200.17382526X-RAY DIFFRACTION98
4.95-19.42110.2181270.18092595X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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