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万見
- PDB-3eb0: Crystal Structure of cgd4_240 from cryptosporidium Parvum in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eb0
タイトルCrystal Structure of cgd4_240 from cryptosporidium Parvum in complex with indirubin E804
要素Putative uncharacterized protein
キーワードTRANSFERASE / kinase cryptosporidium parvum / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DRK / Protein kinase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Fedorov, O. / Lam, A. / Ali, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. ...Wernimont, A.K. / Fedorov, O. / Lam, A. / Ali, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Wilstrom, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Lin, Y.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of cgd4_240 from cryptosporidium Parvum in complex with indirubin E804
著者: Wernimont, A.K. / Fedorov, O. / Lam, A. / Ali, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Wilstrom, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C. ...著者: Wernimont, A.K. / Fedorov, O. / Lam, A. / Ali, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Wilstrom, M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Lin, Y.H.
履歴
登録2008年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7628
ポリマ－87,6632
非ポリマー1,0996
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7628
ポリマ－87,6632
非ポリマー1,0996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area28980 Å2
手法PISA
3
C: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

C: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7628
ポリマ－87,6632
非ポリマー1,0996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.101, 138.366, 43.261
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 43831.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd4_240 / プラスミド: p15-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3pACYC-LIC+LamP-phosphatase / 参照: UniProt: A3FQN0
#2: 化合物 ChemComp-DRK / 3-({[(3S)-3,4-dihydroxybutyl]oxy}amino)-1H,2'H-2,3'-biindol-2'-one / Indirubin_E804


分子量: 365.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N3O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% Isopropanol 20% PEG 4000 0.1 M NaHepes 7.5 4 mM indirubin E804 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.96749 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 24691 / Num. obs: 24543 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 47.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rsym value: 0.117 / Χ2: 1.54 / Net I/σ(I): 13.083
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique all: 2313 / Rsym value: 0.591 / Χ2: 1.137 / % possible all: 95.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.52 Å24.97 Å
Translation2.52 Å24.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1o9u

1o9u


解像度: 2.65→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.271 / WRfactor Rwork: 0.222 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.685 / SU B: 27.743 / SU ML: 0.288 / SU R Cruickshank DPI: 1.074 / SU Rfree: 0.392 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.031 / ESU R Free: 0.38 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1234 5.1 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.24 24253 --
obs0.24 24140 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.08 Å2 / Biso mean: 21.267 Å2 / Biso min: 7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.51 Å20 Å20 Å2
2--2.34 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4965 0 78 150 5193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3962.0037038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8215619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4723.238210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.13615890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4491531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.22235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.23483
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2620.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4221.53233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74325090
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14832264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8614.51948
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 91 -
Rwork0.327 1614 -
all-1705 -
obs-1614 96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93641.51320.18022.00070.34672.2210.01370.0856-0.1474-0.11870.05570.07780.074-0.2992-0.0695-0.15210.05270.00250.1955-0.0147-0.100947.03479.44147.0189
21.6744-0.14910.79761.8816-1.38542.6671-0.05770.0358-0.1886-0.2841-0.0552-0.38360.19570.39640.113-0.1305-0.02090.05430.0975-0.0429-0.099868.523910.825212.1721
38.33451.8895-0.38881.4025-3.410111.34620.0598-0.3079-0.375-0.0722-0.2403-0.5677-0.12030.75320.18040.0308-0.05370.01350.1735-0.11340.034176.959515.82917.1174
41.9442-0.57910.16822.6595-0.15162.29890.0642-0.07560.5861-0.070.01070.0581-0.5122-0.1978-0.07490.02810.02040.05710.1236-0.04590.048257.133529.026812.8087
53.78530.48893.97885.30353.02588.8531-0.08920.1695-0.4759-0.03980.02340.00590.49270.28570.0657-0.06460.02970.01510.38320.0056-0.134627.42310.321926.9831
62.0523-1.609-0.61351.3460.91532.4114-0.0024-0.1142-0.07310.18870.08170.0262-0.12950.2188-0.0793-0.1301-0.06810.010.18450.0078-0.075717.751512.449424.3618
73.3149-0.7449-0.36122.92551.00772.2133-0.03830.0686-0.24590.0818-0.03820.17090.0690.04150.0765-0.14310.02420.02190.02270.0463-0.16265.019610.624518.7553
86.8991-1.595-0.83393.07912.13767.748-0.00690.1493-0.10720.0231-0.2330.43910.3113-0.55480.2399-0.040.04840.01130.15290.05110.0424-10.295215.822915.2319
93.27410.5534-0.82922.59960.10251.74160.0938-0.04860.75030.06020.0113-0.2087-0.7690.2521-0.10510.0967-0.04950.06740.1610.03020.06299.996429.063918.7415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2A199 - 263
3X-RAY DIFFRACTION3A264 - 290
4X-RAY DIFFRACTION4A291 - 375
5X-RAY DIFFRACTION5C7 - 47
6X-RAY DIFFRACTION6C48 - 174
7X-RAY DIFFRACTION7C175 - 252
8X-RAY DIFFRACTION8C253 - 290
9X-RAY DIFFRACTION9C291 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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