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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dxk | ||||||
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タイトル | Structure of Bos Taurus Arp2/3 Complex with Bound Inhibitor CK0944636 | ||||||
要素 | (Actin-related protein ...) x 7 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / beta-propeller / Acetylation / Actin-binding / ATP-binding / Cell projection / Cytoplasm / Cytoskeleton / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / WD repeat | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / cilium assembly / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / cilium assembly / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of lamellipodium assembly / actin filament polymerization / cell projection / structural constituent of cytoskeleton / actin filament binding / cell migration / site of double-strand break / actin binding / cell cortex / neuron projection / synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Nolen, B.J. / Tomasevic, N. / Russell, A. / Pierce, D.W. / Jia, Z. / Hartman, J. / Sakowicz, R. / Pollard, T.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2009 タイトル: Characterization of two classes of small molecule inhibitors of Arp2/3 complex 著者: Nolen, B.J. / Tomasevic, N. / Russell, A. / Pierce, D.W. / Jia, Z. / McCormick, C.D. / Hartman, J. / Sakowicz, R. / Pollard, T.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dxk.cif.gz | 349 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dxk.ent.gz | 277.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dxk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dxk_validation.pdf.gz | 791.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dxk_full_validation.pdf.gz | 842.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3dxk_validation.xml.gz | 62.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dxk_validation.cif.gz | 85 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/3dxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/3dxk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Actin-related protein ... , 7種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 47428.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61157 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44818.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A7MB62 |
#3: タンパク質 | 分子量: 41030.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q58CQ2 |
#4: タンパク質 | 分子量: 34402.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3MHR7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 20572.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T035 |
#6: タンパク質 | 分子量: 19697.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q148J6 |
#7: タンパク質 | 分子量: 16251.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3SYX9 |
-非ポリマー , 2種, 43分子
#8: 化合物 | ChemComp-N23 / |
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#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 8% PEG 8000, 50 mM HEPES, pH 7.5, 100 mM KSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 80652 / Num. obs: 78877 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.066 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.568 / % possible all: 94.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1K8K 解像度: 2.7→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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