PDB-3djf: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Purine Nucleoside Phosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3djf

タイトル

Crystal Structure of Schistosoma mansoni Purine Nucleoside Phosphorylase in a complex with BCX-34

要素

Purine-nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase / BCX34 / Inhibitor / Glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.302 Å

データ登録者

Postigo, M.P. / Pereira, H.M. / Oliva, G. / Andricopulo, A.D.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for selective inhibition of purine nucleoside phosphorylase from Schistosoma mansoni: kinetic and structural studies.
著者: Castilho, M.S. / Postigo, M.P. / Pereira, H.M. / Oliva, G. / Andricopulo, A.D.

履歴

登録	2008年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3djf.cif.gz	343.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3djf.ent.gz	281.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3djf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3iexC 1tcu 1tcv 1td1 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tcv-d 1td1-d 3fb1-d 3k8q-1 3bgs-1 3e9z-d 5cxs-1 3e0q-d 6b37-1 6bhb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine-nucleoside phosphorylase

B: Purine-nucleoside phosphorylase

C: Purine-nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

94.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.577, 132.953, 121.154
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq 3:62 or resseq 66:287 )
2	1	chain B and (resseq 3:253 or resseq 267:287 )
3	1	chain C and (resseq 3:287 )

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	A	A	3 - 62	3 - 62
1	2	1	A	A	66 - 287	66 - 287
2	1	1	B	B	3 - 253	3 - 253
2	2	1	B	B	267 - 287	267 - 287
3	1	1	C	C	3 - 287	3 - 287

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.965047, 0.240981, -0.103013), (0.031578, -0.497125, -0.867104), (-0.260166, 0.833544, -0.487359)	1.88704, 0.846829, 15.6899
3	given	(0.970599, 0.025679, -0.239328), (0.221625, -0.483279, 0.846949), (-0.093914, -0.875089, -0.474762)	2.17443, -13.5372, 8.44534

#1: タンパク質	Purine-nucleoside phosphorylase 分子量: 31197.254 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: Pmal-c2G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9BMI9, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-BC3 / 2-amino-7-(pyridin-3-ylmethyl)-3,5-dihydro-4H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one / peldesine,BCX-34 / ペルデシン分子量: 241.249 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁N₅O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.34 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 18% PEG 1500, 32mM Sodium acetate pH 4.9, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→89.55 Å / Num. obs: 35710 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.093 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 19998 / Num. unique all: 5135 / R_sym value: 0.486 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	27.61 Å
Translation	2.5 Å	27.61 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.19	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.302→27.608 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	1715	5.01 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.204	34204	94.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 67.603 Å² / k_sol: 0.378 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 171.11 Å² / B_iso mean: 46.694 Å² / B_iso min: 9.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.095 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.659 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.564 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.302→27.608 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6330	0	76	348	6754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6575
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.063	8906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1033
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.339	2415

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2050	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2050	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	3	C	2149	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.302-2.369	0.323	112	0.227	2050	2162	72
2.369-2.446	0.313	111	0.225	2585	2696	91
2.446-2.533	0.283	141	0.224	2625	2766	93
2.533-2.634	0.339	153	0.232	2696	2849	95
2.634-2.754	0.305	153	0.216	2688	2841	95
2.754-2.899	0.293	157	0.211	2739	2896	96
2.899-3.081	0.292	158	0.211	2738	2896	97
3.081-3.318	0.303	143	0.215	2816	2959	98
3.318-3.651	0.265	141	0.196	2825	2966	98
3.651-4.178	0.219	142	0.175	2892	3034	99
4.178-5.258	0.177	152	0.148	2903	3055	99
5.258-27.61	0.227	152	0.2	2932	3084	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1722	-0.2125	-0.4274	1.194	0.1965	0.5015	-0.0156	-0.0876	0.0198	0.2282	-0.0472	-0.1217	0.0325	0.0081	0.0429	0.1108	-0.025	-0.0637	0.1126	0.0126	0.0927	-13.1503	-15.1421	29.3309
2	1.2008	-0.6221	0.0775	1.7448	-0.0614	0.6921	0.046	0.0855	0.3379	-0.1607	-0.1262	-0.3622	-0.2945	0.0499	0.0609	0.2194	-0.0021	0.018	0.1182	0.0425	0.2746	-18.0772	16.008	9.4857
3	0.854	0.3637	-0.2083	0.8411	-0.2018	0.7864	-0.0127	-0.0587	-0.0259	-0.1899	-0.0818	-0.0876	0.0823	-0.0055	0.004	0.1357	0.0084	0.031	0.0972	0.0241	0.1235	-17.0753	-17.9947	-7.5593
4	0.2471	-0.2125	-0.1974	0.1477	0.1514	0.1374	0.0797	0.0354	-0.0483	0.0007	0.0698	-0.0885	-0.007	0.0939	-0.0009	0.6662	0.1284	-0.2187	0.7577	0.0374	0.36	-19.19	-23.4498	4.5873
5	0.0632	0.0486	-0.0406	0.0727	-0.0308	0.0218	-0.031	0.0084	0.0666	-0.012	-0.0293	-0.0279	0.01	0.0159	-0.0003	0.6926	0.1668	0.4636	0.8074	0.0103	0.6773	-22.731	7.6824	-1.2466
6	0.2002	0.0193	0.1087	-0.0008	-0.014	0.071	-0.0047	-0.0318	0.0019	-0.0273	-0.0775	-0.0737	0	0.0833	0.0011	0.4431	-0.0585	-0.1602	0.2366	0.0356	0.6225	-18.1873	-2.5632	28.4704
7	1.81	4.3625	2.7851	2.0114	-1.412	3.1642	1.0891	-3.4516	-1.2214	5.9432	0.1461	7.8218	4.6067	4.5835	-1.2438	0.9614	0.1027	0.29	0.771	0.3325	1.0818	-13.2715	-7.3994	31.2314
8	2.1215	1.8759	2.0265	1.7653	2.0769	1.8418	-0.6102	-0.3655	1.0092	0.359	-0.1223	-3.1762	-1.1009	2.2664	0.7375	0.7397	0.044	-0.2336	0.5212	-0.0971	0.7008	-15.5626	-23.2118	-1.9025
9	4.5995	-4.4361	-4.7352	4.9911	7.1191	2.5449	-1.3738	-0.2319	2.1698	1.3263	2.5373	-4.2832	-0.5443	-2.9138	-1.1461	0.336	0.1792	-0.0235	0.9446	0.2554	1.1425	-0.4596	-15.7795	3.3631
10	2	2.9934	6.7266	2	2	2	-0.6742	5.2721	-5.1677	0.8242	-1.2507	6.456	3.8351	2.19	1.9396	0.1986	0.1453	0.0945	0.7822	0.0076	0.2367	-3.9419	-18.1745	14.5222
11	2	2	2	2	2	2	3.3784	-5.879	4.0536	8.3368	-2.3941	11.4338	2.1618	-6.7939	-0.9592	0.5578	-0.2711	0.1725	0.2802	0.0515	0.8126	-5.8088	6.7294	17.6371
12	2.3802	-5.341	2.1636	2.3823	-0.9222	2.3328	1.1588	3.1303	8.2083	0.9726	0.0191	8.6114	-0.474	-11.576	-1.1803	0.6244	-0.142	0.2415	0.4026	-0.024	0.5705	-7.5233	-3.2239	-5.2564
13	-0.0462	0.1935	-0.0746	0.2897	0.065	0.1808	0.0174	0.0068	0.0161	-0.0094	-0.0511	0.0042	-0.1155	-0.0038	0.04	0.241	0.0185	-0.0201	0.2297	-0.0155	0.2082	-18.3786	-8.2593	9.9275

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain W

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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