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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dj8 | ||||||
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タイトル | Synthesis of (2S)-2-amino-7,8-epoxyoctanoic acid and structure of its metal-bridging complex with human arginase I | ||||||
要素 | Arginase-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Epoxide binding / manganese cluster / Arginine metabolism / Disease mutation / Manganese / Metal-binding / Phosphoprotein / Urea cycle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation ...positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / Urea cycle / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / negative regulation of activated T cell proliferation / arginine catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / specific granule lumen / azurophil granule lumen / manganese ion binding / adaptive immune response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | ||||||
データ登録者 | Di Costanzo, L. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Synthesis of (2S)-2-amino-7,8-epoxyoctanoic acid and structure of its metal-bridging complex with human arginase I 著者: Zakharian, T.Y. / Di Costanzo, L. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dj8.cif.gz | 136.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dj8.ent.gz | 106.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dj8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dj8_validation.pdf.gz | 453.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dj8_full_validation.pdf.gz | 468.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3dj8_validation.xml.gz | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dj8_validation.cif.gz | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3dj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3dj8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2zavS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34779.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET11-D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05089, arginase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% JEFFAMINE, 100mM Hepes, 2.0mM Thymine. Soaking 40mM epoxide no thymine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 99149 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 3.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 9976 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZAV 解像度: 1.51→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: the data diffraction is affect by perfect twinning, twin fraction: 0.5; operator: -h, -k, l, the structure factor file is the untwinned structure factors that the depositor used for the refinement process.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.51→1.56 Å /
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