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- PDB-3dbm: Crystal Structure of Allene oxide synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dbm
タイトルCrystal Structure of Allene oxide synthase
要素Cytochrome P450 74A2
キーワードLYASE / crystal structure HEM HODE AOS / Fatty acid biosynthesis / Heme / Iron / Lipid synthesis / Metal-binding / Oxylipin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroperoxide dehydratase / allene oxide synthase activity / oxylipin biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (9E,11E,13S)-13-hydroxyoctadeca-9,11-dienoic acid / Allene oxide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Parthenium argentatum (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, L. / Wang, X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Modes of heme binding and substrate access for cytochrome P450 CYP74A revealed by crystal structures of allene oxide synthase.
著者: Li, L. / Chang, Z. / Pan, Z. / Fu, Z.Q. / Wang, X.
履歴
登録2008年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 74A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4463
ポリマ－53,5331
非ポリマー9132
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.300, 128.300, 160.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 74A2 / Allene oxide synthase / Rubber particle protein / RPP


分子量: 53532.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Parthenium argentatum (植物) / 遺伝子: CYP74A2, RPP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q40778, hydroperoxide dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-HO2 / (9E,11E,13S)-13-hydroxyoctadeca-9,11-dienoic acid / (9E,11E,13S)-13-ヒドロキシ-9,11-オクタデカジエン酸


分子量: 296.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M (NH4)H2PO4, 50%MPD, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 20900 / Num. obs: 20482 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 98 % / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 96 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1978 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DAM

3dam


解像度: 2.6→49.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 41885.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 2009 9.8 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 20475 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.5769 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3742 0 64 147 3953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 311 9.4 %
Rwork0.305 2984 -
obs-2984 96.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2hem.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4sub.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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