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- PDB-3daf: The crystal structure of [Fe]-hydrogenase holoenzyme (HMD) from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3daf
タイトルThe crystal structure of [Fe]-hydrogenase holoenzyme (HMD) from METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII cocrystallized with cyanide
要素5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / HELIX BUNDLE / Methanogenesis / One-carbon metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / N5,N10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / one-carbon metabolic process
類似検索 - 分子機能
5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / Hmd, C-terminal helical subdomain / Methenyltetrahydromethanopterin dehydrogenase, Hmd-type / H2-forming N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase, C-terminal / HMD, C-terminal domain superfamily / H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / Hmd, C-terminal helical subdomain / Methenyltetrahydromethanopterin dehydrogenase, Hmd-type / H2-forming N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase, C-terminal / HMD, C-terminal domain superfamily / H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / CYANIDE ION / : / Chem-FEG / PHOSPHATE ION / 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Pilak, O. / Warkentin, E. / Shima, S. / Thauer, R.K. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of [Fe]-hydrogenase reveals the geometry of the active site.
著者: Shima, S. / Pilak, O. / Vogt, S. / Schick, M. / Stagni, M.S. / Meyer-Klaucke, W. / Warkentin, E. / Thauer, R.K. / Ermler, U.
履歴
登録2008年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4847
ポリマ－38,7091
非ポリマー7756
水3,855214
1
A: 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase
ヘテロ分子

A: 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,96914
ポリマ－77,4182
非ポリマー1,55012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area26580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.140, 97.140, 166.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / H(2)-forming N(5) / N(10)-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / N(5) / N(10)- ...H(2)-forming N(5) / N(10)-methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase / N(5) / N(10)-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase / H(2)-dependent methylene-H(4)MPT dehydrogenase


分子量: 38709.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSMZ2661 / 遺伝子: hmd, MJ0784 / プラスミド: PET24B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3)(PLYSS)
参照: UniProt: Q58194, 5,10-methenyltetrahydromethanopterin hydrogenase

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非ポリマー , 6種, 220分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#5: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#6: 化合物 ChemComp-FEG / 5'-O-[(S)-{[2-(carboxymethyl)-6-hydroxy-3,5-dimethylpyridin-4-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]guanosine / 4-(5′-グアニリルオキシ)-6-ヒドロキシ-3,5-ジメチルピリジン-2-酢酸


分子量: 542.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N6O11P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 50% MPD, 0.1M TRIS/HCL, 20mM NH4H2PO4, cyanide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99198 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 36729 / Num. obs: 36729 / % possible obs: 0.901 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2389 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 73.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BOJ

2boj


解像度: 1.75→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.094 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22154 1944 5 %RANDOM
Rwork0.18653 ---
all0.1883 36673 --
obs0.1883 36673 96.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2591 0 49 214 2854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222723
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7222.0093704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3725349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.78525.52196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.39415474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.369157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.210.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0641.51791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54122808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.61331074
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0574.5893
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.794 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 147 -
Rwork0.293 2444 -
obs--90.22 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.241 Å / Origin y: 5.136 Å / Origin z: 19.481 Å
111213212223313233
T-0.1095 Å20.016 Å2-0.0149 Å2--0.1731 Å2-0.0435 Å2---0.225 Å2
L0.6944 °2-0.238 °20.3138 °2-0.8574 °2-0.5426 °2--2.084 °2
S-0.0195 Å °-0.0001 Å °-0.0217 Å °0.039 Å °0.0618 Å °-0.083 Å °0.2259 Å °0.0919 Å °-0.0423 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 3441 - 344
2X-RAY DIFFRACTION1AD - G401 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1AH2023 - 2052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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