+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d9d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Nitroalkane oxidase: mutant D402N crystallized with 1-nitrohexane | ||||||
![]() | Nitroalkane oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE FLAVOENZYME / NITROALKANE / ACYL-COA DEHYDROGENASE / LONG CELL EDGE / FAD / INHIBITOR / FLAVOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitroalkane oxidase activity / nitroalkane oxidase / : / butyrate catabolic process / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / metabolic process / FAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heroux, A. / Bozinovski, D.M. / Valley, M.P. / Fitzpatrick, P.F. / Orville, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of intermediates in the nitroalkane oxidase reaction. 著者: Heroux, A. / Bozinovski, D.M. / Valley, M.P. / Fitzpatrick, P.F. / Orville, A.M. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of nitroalkane oxidase: insights into the reaction mechanism from a covalent complex of the flavoenzyme trapped during turnover. 著者: Nagpal, A. / Valley, M.P. / Fitzpatrick, P.F. / Orville, A.M. #2: ![]() タイトル: Mechanistic and structural analyses of the roles of Arg409 and Asp402 in the reaction of the flavoprotein nitroalkane oxidase. 著者: Fitzpatrick, P.F. / Bozinovski, D.M. / Heroux, A. / Shaw, P.G. / Valley, M.P. / Orville, A.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 347.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 283.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48087.066 Da / 分子数: 4 / 変異: D402N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-N6C / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.38 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20-30mM PEG 3350, 20-35% glycerol, 0.1M NaCacodylate, pH 7.50, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月9日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 391270 / Num. obs: 391270 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 13.72 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 8209 / Rsym value: 0.447 / % possible all: 62.1 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: MOLREP 開始モデル: 2c12 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.337 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.174 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
|