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- PDB-3cm2: Crystal Structure of XIAP BIR3 domain in complex with a Smac-mime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cm2
タイトルCrystal Structure of XIAP BIR3 domain in complex with a Smac-mimetic compound, Smac010
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
キーワードLigase / Apoptosis / Zinc-finger / Cytoplasm / Metal-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Protease inhibitor / Thiol protease inhibitor / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process ...regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of innate immune response / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X23 / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cossu, F. / Mastrangelo, E. / Milani, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Targeting the X-linked inhibitor of apoptosis protein through 4-substituted azabicyclo[5.3.0]alkane smac mimetics. Structure, activity, and recognition principles.
著者: Mastrangelo, E. / Cossu, F. / Milani, M. / Sorrentino, G. / Lecis, D. / Delia, D. / Manzoni, L. / Drago, C. / Seneci, P. / Scolastico, C. / Rizzo, V. / Bolognesi, M.
履歴
登録2008年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
F: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
G: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
H: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
I: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
J: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,32430
ポリマ－146,75310
非ポリマー5,57020
水4,288238
1
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子

F: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4656
ポリマ－29,3512
非ポリマー1,1144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area1000 Å2
ΔGint-10.1 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PISA
2
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子

J: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4656
ポリマ－29,3512
非ポリマー1,1144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_446x-1/2,-y-1/2,-z+11
Buried area970 Å2
ΔGint-11.7 kcal/mol
Surface area12600 Å2
手法PISA
3
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
H: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4656
ポリマ－29,3512
非ポリマー1,1144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-8.8 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
4
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
I: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4656
ポリマ－29,3512
非ポリマー1,1144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-11.1 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
5
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
G: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4656
ポリマ－29,3512
非ポリマー1,1144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-11.3 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
6
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2323
ポリマ－14,6751
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2323
ポリマ－14,6751
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2323
ポリマ－14,6751
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2323
ポリマ－14,6751
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2323
ポリマ－14,6751
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
F: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2323
ポリマ－14,6751
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
G: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2323
ポリマ－14,6751
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
H: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2323
ポリマ－14,6751
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
I: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2323
ポリマ－14,6751
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
J: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2323
ポリマ－14,6751
非ポリマー5572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.529, 108.349, 225.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / X- linked inhibitor of ...E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / X- linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP / IAP-like protein / HILP


分子量: 14675.340 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 241-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC4, API3, IAP3, XIAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P98170, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-X23 / (3S,6S,7R,9aS)-6-{[(2S)-2-aminobutanoyl]amino}-7-(aminomethyl)-N-(diphenylmethyl)-5-oxooctahydro-1H-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide / 2(S),3(S),6(S),7(S),9a(S) 6-(2-Amino-butyrylamino)-7-aminomethyl-5-oxo-octahydro-pyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxylic acid benzhydryl-amide


分子量: 491.625 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H37N5O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 12% PEG 10K, 10% glycerol, 0.1M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月14日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 66532 / Num. obs: 66464 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CLX

3clx


解像度: 2.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26379 3376 5.1 %RANDOM
Rwork0.22085 ---
all0.22306 ---
obs0.22306 63088 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.255 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----3.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8344 0 370 238 8952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0218998
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2811.96612210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.40551014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73824.091440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.312151394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0031540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.210.21215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.24152
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.26035
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.72225120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.16638193
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.07143878
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.16664017
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 248 -
Rwork0.274 4585 -
obs--100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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