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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cke | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aristolochene synthase in complex with 12,13-difluorofarnesyl diphosphate | ||||||
要素 | Aristolochene synthase | ||||||
キーワード | LYASE / substrate binding / metal ion binding / catalysis / conformational changes | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aristolochene synthase / aristolochene synthase activity / small molecule metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus terreus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Shishova, E.Y. / Yu, F. / Miller, D.J. / Faraldos, J.A. / Zhao, Y. / Coates, R.M. / Allemann, R.K. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: X-ray Crystallographic Studies of Substrate Binding to Aristolochene Synthase Suggest a Metal Ion Binding Sequence for Catalysis. 著者: Shishova, E.Y. / Yu, F. / Miller, D.J. / Faraldos, J.A. / Zhao, Y. / Coates, R.M. / Allemann, R.K. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cke.cif.gz | 249.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cke.ent.gz | 202.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cke.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cke_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3cke_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3cke_validation.xml.gz | 49.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cke_validation.cif.gz | 66.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3cke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3cke | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 36523.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: Ari1 / プラスミド: pET11-rASA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9UR08, aristolochene synthase |
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-非ポリマー , 7種, 253分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-POP / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月7日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→56.3 Å / Num. all: 57488 / Num. obs: 57488 / % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.649 / % possible all: 0.998 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 2E4O 解像度: 2.4→56.3 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→56.3 Å
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.387 / Rfactor Rwork: 0.333 |