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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3chq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of leukotriene a4 hydrolase in complex with N5-[4-(phenylmethoxy)phenyl]-L-glutamine | ||||||
要素 | Leukotriene A-4 hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / EPOXIDE HYDROLASE / ALPHA-BETA PROTEIN / LEUKOTRIENE BIOSYNTHESIS / METALLOPROTEASE / Inhibitor complex / Alternative splicing / Cytoplasm / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Zinc | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / protein metabolic process ...leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / protein metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / epoxide hydrolase activity / leukotriene biosynthetic process / type I pneumocyte differentiation / peptide catabolic process / response to zinc ion / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / lipid metabolic process / response to peptide hormone / tertiary granule lumen / peptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Thunnissen, M.M.G.M. / Adler, M. / Whitlow, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2008 タイトル: Synthesis of glutamic acid analogs as potent inhibitors of leukotriene A4 hydrolase. 著者: Kirkland, T.A. / Adler, M. / Bauman, J.G. / Chen, M. / Haeggstrom, J.Z. / King, B. / Kochanny, M.J. / Liang, A.M. / Mendoza, L. / Phillips, G.B. / Thunnissen, M. / Trinh, L. / Whitlow, M. / ...著者: Kirkland, T.A. / Adler, M. / Bauman, J.G. / Chen, M. / Haeggstrom, J.Z. / King, B. / Kochanny, M.J. / Liang, A.M. / Mendoza, L. / Phillips, G.B. / Thunnissen, M. / Trinh, L. / Whitlow, M. / Ye, B. / Ye, H. / Parkinson, J. / Guilford, W.J. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal Structure of Human Leukotriene A4 Hydrolase, a Bifunctional Enzyme in Inflammation 著者: Thunnissen, M.M.G.M. / Nordlund, P.N. / Haeggstrom, J.Z. #2: ジャーナル: FASEB J. / 年: 2002 タイトル: Crystal structures of LEUKOTRIENE A4 HYDROLASE in complex with captopril and two competitive tight-binding inhibitors. 著者: Thunnissen, M.M.G.M. / Anderson, B. / Samuelsson, B. / Wong, C.-H. / Haeggstrom, J.Z. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Leukotriene A4 Hydrolase: Selective Abrogation of Leukotriene B4 Formation by Mutation of Aspartic Acid 375. 著者: Rudberg, P.C. / Tholander, F. / Thunnissen, M.M. / Samuelsson, B. / Haeggstrom, J.Z. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Leukotriene A4 Hydrolase: Identification of a Common Carboxylate Recognition Site for the Epoxide Hydrolase and Aminopeptidase Substrates 著者: Rudberg, P.C. / Tholander, F.O.T. / Andberg, M. / Thunnissen, M.M.G.M. / Haeggstrom, J.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3chq.cif.gz | 142.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3chq.ent.gz | 110.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3chq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3chq_validation.pdf.gz | 687.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3chq_full_validation.pdf.gz | 696.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3chq_validation.xml.gz | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3chq_validation.cif.gz | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/3chq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/3chq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 69232.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTA4H, LTA4 / プラスミド: PT3-MB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P09960, leukotriene-A4 hydrolase |
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-非ポリマー , 5種, 350分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-IMD / | #5: 化合物 | ChemComp-4BQ / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8 詳細: PEG 8000, SODIUM ACETATE, IMIDEAZOLE PH 6.8, YBCL2, BESTATIN, LIQUID DIFFUSION, TEMPERATURE 298K,pH 8.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 91.6 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→47.7 Å / Num. obs: 46299 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.2 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.306 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.09→24.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2124152.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.3928 Å2 / ksol: 0.352358 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→24.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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