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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bi4 | ||||||
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タイトル | Crystal structures of fms1 in complex with its inhibitors | ||||||
![]() | Polyamine oxidase FMS1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / enzyme-inhibitor complex / polyamine oxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() non-specific polyamine oxidase / spermidine:oxygen oxidoreductase (3-aminopropanal-forming) activity / N1-acetylspermine:oxygen oxidoreductase (3-acetamidopropanal-forming) activity / N1-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (3-acetamidopropanal-forming) activity / spermine:oxygen oxidoreductase (spermidine-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / HDMs demethylate histones / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 ...non-specific polyamine oxidase / spermidine:oxygen oxidoreductase (3-aminopropanal-forming) activity / N1-acetylspermine:oxygen oxidoreductase (3-acetamidopropanal-forming) activity / N1-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (3-acetamidopropanal-forming) activity / spermine:oxygen oxidoreductase (spermidine-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / HDMs demethylate histones / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / pantothenate biosynthetic process / Estrogen-dependent gene expression / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, Q. / Hao, Q. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of fms1 in complex with its inhibitors 著者: Huang, Q. / Hao, Q. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 969.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 995.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58943.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Fms1 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10%PEG3350, 200mM CaCl2, 100mM Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月3日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→47.62 Å / Num. all: 98167 / Num. obs: 95615 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Num. unique all: 14305 / % possible all: 94.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: native fms1 解像度: 2.2→32 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 45.219 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.237 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å
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Xplor file |
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