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万見
- PDB-3ba2: Cyanide bound Chlorin substituted Myoglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ba2
タイトルCyanide bound Chlorin substituted Myoglobin
要素Myoglobin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Myoglobin / Heme / Chlorin / Cyanide / CN / reconstituted / Iron / Metal-binding / Muscle protein / Oxygen transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding ...nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / Fe(III) pyropheophorbide-a methyl ester / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yi, J. / Copeland, D.M. / Richter-Addo, G.B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cyanide bound Chlorin substituted Myoglobin
著者: Yi, J. / Copeland, D.M. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B.
履歴
登録2007年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9006
ポリマ－16,9841
非ポリマー9175
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.123, 30.389, 64.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 16983.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Horse Heart / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物 ChemComp-HKL / Fe(III) pyropheophorbide-a methyl ester


分子量: 602.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 3.1M ammonium sulfate, 100mM Tris HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月12日 / 詳細: Osmic blue
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→22.35 Å / Num. all: 12043 / Num. obs: 11926 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.44 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 21.9 / Scaling rejects: 310
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.863.330.137.3390811601.0898.9
1.86-1.943.310.1088.6386911591.0497.4
1.94-2.033.390.07611.5405511930.9298.4
2.03-2.133.440.0615.9408911821.0299.6
2.13-2.273.440.05517.2408311801.0299
2.27-2.443.480.04121.6415511910.9199.6
2.44-2.693.510.03824.9425712080.9499.5
2.69-3.083.520.03128.6425612020.9199.6
3.08-3.873.510.02637.3428512030.9699.3
3.87-22.353.420.02242.7432912481.0599.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.343 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.703
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å22.35 Å
Translation3 Å22.35 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2Dデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→22.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.8 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 571 4.8 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 11924 99.01 %-
all-12043 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 59 109 1362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8732.0111744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9985151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.31125.09453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.35715230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.528152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02946
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.5750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67421191
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7083537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1294.5553
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 46 -
Rwork0.255 804 -
all-850 -
obs--99.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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