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- PDB-3a7b: Crystal structure of TLR2-Streptococcus Pneumoniae lipoteichoic a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a7b
タイトルCrystal structure of TLR2-Streptococcus Pneumoniae lipoteichoic acid complex
要素Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B
キーワードIMMUNE SYSTEM / Toll-like receptor / lipoteichoic acid / Leucine Rich Repeat / Cell membrane / Cytoplasmic vesicle / Disulfide bond / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / Membrane / Receptor / Transmembrane / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to bacterial lipoprotein / diacyl lipopeptide binding / Beta defensins / triacyl lipopeptide binding / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / positive regulation of neutrophil migration / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide ...response to bacterial lipoprotein / diacyl lipopeptide binding / Beta defensins / triacyl lipopeptide binding / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / positive regulation of neutrophil migration / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to bacterial lipopeptide / lipoteichoic acid binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / negative regulation of synapse assembly / response to molecule of fungal origin / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of dendritic cell cytokine production / response to peptidoglycan / positive regulation of interleukin-18 production / central nervous system myelin formation / positive regulation of xenophagy / xenophagy / leukotriene metabolic process / neutrophil migration / negative regulation of actin filament polymerization / lipopeptide binding / cellular response to peptidoglycan / response to fatty acid / negative regulation of interleukin-12 production / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of interleukin-17 production / microglia development / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of leukocyte migration / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / nitric oxide metabolic process / leukocyte migration / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of chemokine production / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / ERK1 and ERK2 cascade / Neutrophil degranulation / learning / positive regulation of interleukin-1 beta production / cell projection / positive regulation of cytokine production / response to bacterium / microglial cell activation / defense response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / cell body / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / innate immune response / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / : / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich repeat / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal ...Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / : / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich repeat / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LTC / Variable lymphocyte receptor B / Toll-like receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Kang, J.Y. / Jin, M.S. / Lee, J.-O.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2009
タイトル: Recognition of lipopeptide patterns by Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 heterodimer
著者: Kang, J.Y. / Nan, X. / Jin, M.S. / Youn, S.-J. / Ryu, Y.H. / Mah, S. / Han, S.H. / Lee, H. / Paik, S.-G. / Lee, J.-O.
履歴
登録2009年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9564
ポリマ－65,5351
非ポリマー1,4213
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.578, 83.190, 214.658
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B / TLR2 / VLRB.61


分子量: 65535.309 Da / 分子数: 1
断片: extracellular domain, UNP residues 1-506(mouse), UNP residues 133-200(Inshore hagfish)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: Tlr2 / プラスミド: PVL1393 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: Q9QUN7, UniProt: Q4G1L2
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-LTC / (2S)-1-({3-O-[2-(acetylamino)-4-amino-2,4,6-trideoxy-beta-D-galactopyranosyl]-alpha-D-glucopyranosyl}oxy)-3-(heptanoyloxy)propan-2-yl (7Z)-pentadec-7-enoate / Lipoteichoic acid


分子量: 774.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H70N2O13
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細lipoteichoic acid labeled as LTC was purified from streptococcus pneumonia

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50mM ammonium citrate pH 7.0, 20% PEG 4000, 30% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日 / 詳細: Silicon 111
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 41199 / Num. obs: 40005 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.84 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 42.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 3719 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z81

2z81


解像度: 2.53→45.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Data cutoff high absF: 151024 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 4014 10 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.242 39965 95.4 %-
all-41199 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.328 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 127.32 Å2 / Biso mean: 59.073 Å2 / Biso min: 27.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.66 Å20 Å20 Å2
2--6.14 Å20 Å2
3----4.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→45.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4355 0 96 269 4720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 453 10.2 %
Rwork0.314 3995 -
all-4448 -
obs--62.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION5ligand.paramligand.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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