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万見
- PDB-3a16: Crystal Structure of Aldoxime Dehydratase (OxdRE) in Complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a16
タイトルCrystal Structure of Aldoxime Dehydratase (OxdRE) in Complex with Propionaldoxime
要素Aldoxime dehydratase
キーワードLYASE / beta barrel / heme protein
機能・相同性aliphatic aldoxime dehydratase / Haem-containing dehydratase / Haem-containing dehydratase / lyase activity / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (1Z)-propanal oxime / Aliphatic aldoxime dehydratase
機能・相同性情報
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sawai, H. / Sugimoto, H. / Kato, Y. / Asano, Y. / Shiro, Y. / Aono, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: X-ray crystal structure of michaelis complex of aldoxime dehydratase
著者: Sawai, H. / Sugimoto, H. / Kato, Y. / Asano, Y. / Shiro, Y. / Aono, S.
履歴
登録2009年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldoxime dehydratase
B: Aldoxime dehydratase
C: Aldoxime dehydratase
D: Aldoxime dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,13714
ポリマ－168,3314
非ポリマー2,80710
水14,970831
1
A: Aldoxime dehydratase
B: Aldoxime dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5697
ポリマ－84,1652
非ポリマー1,4035
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
2
C: Aldoxime dehydratase
D: Aldoxime dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5697
ポリマ－84,1652
非ポリマー1,4035
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area27060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.710, 147.670, 78.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.008, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ILEILEALAALA3AA5 - 22825 - 248
211ILEILEALAALA3CC5 - 22825 - 248
121GLUGLUARGARG3AA230 - 345250 - 365
221GLUGLUARGARG3CC230 - 345250 - 365
131HEMHEMHEMHEM1AE354
231HEMHEMHEMHEM1CJ354
141PXOPXOPXOPXO6AF355
241PXOPXOPXOPXO6CK355
112ILEILEALAALA3BB5 - 22825 - 248
212ILEILEALAALA3DD5 - 22825 - 248
122GLUGLUARGARG3BB230 - 345250 - 365
222GLUGLUARGARG3DD230 - 345250 - 365
132HEMHEMHEMHEM1BG354
232HEMHEMHEMHEM1DL354
142PXOPXOPXOPXO6BH355
242PXOPXOPXOPXO6DM355

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Aldoxime dehydratase / OxdRE


分子量: 42082.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
遺伝子: oxd / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76K71, EC: 4.99.1.5
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-PXO / (1Z)-propanal oxime / (Z)-propionaldoxime / (Z)-プロピオンアルデヒドオキシム


分子量: 73.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 18% (W/V) PEG 4000, 0.075M sodium cacodylate, 0.1M magnesium acetate; crystal was soaked into propionaldoxime, pH 7.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 188090 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 22.651 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Num. measured obs: 137927 / Num. unique obs: 13912 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A15

3a15


解像度: 1.6→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / WRfactor Rfree: 0.285 / WRfactor Rwork: 0.257 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 5.317 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 9497 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.25 188090 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 40.88 Å2 / Biso mean: 10.508 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å20 Å2-0.22 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11674 0 194 831 12699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02112226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.97316687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02151470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58623.302645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.454151833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.80415109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21703
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.25827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.28197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2996
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.51.57493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.762211684
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22835509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6884.54990
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1394TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A1345LOOSE POSITIONAL0.245
1A1394TIGHT THERMAL0.110.5
1A1345LOOSE THERMAL0.710
2B1494TIGHT POSITIONAL0.030.05
2B1454LOOSE POSITIONAL0.275
2B1494TIGHT THERMAL0.10.5
2B1454LOOSE THERMAL0.6710
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.6410.3147190.268130961381699.993
1.641-1.6860.3137380.2711275013488100
1.686-1.7340.3146700.2681241413084100
1.734-1.7870.3016340.2661217312807100
1.787-1.8460.316040.2621169512299100
1.846-1.910.3085660.2571132811894100
1.91-1.9810.2915960.2521094811544100
1.981-2.0610.2875650.2421051811083100
2.061-2.1520.2765480.2451014110689100
2.152-2.2550.2795240.246965110175100
2.255-2.3760.2674800.2592089688100
2.376-2.5180.2794700.25487589228100
2.518-2.6880.2823880.2581968584100
2.688-2.8990.2654050.24976628067100
2.899-3.1690.2673610.2467099746199.987
3.169-3.5320.2573340.23964006734100
3.532-4.0570.2383150.235661597899.967
4.057-4.9170.2222450.234863511799.824
4.917-6.750.2692170.2493810403099.926
6.75-19.8150.2861180.2672222246295.045

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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