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- EMDB-39111: SARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (extended-pore) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39111
タイトルSARS-CoV-2 DMV nsp3-4 pore complex (extended-pore)
マップデータlocal resolution map
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex
キーワードDouble membrane vesicle / pore complex / nsp3 / nsp4 / RNA transport / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Huang YX / Zhong LJ / Zhang WX / Ni T
資金援助 香港, 1件
OrganizationGrant number国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Molecular architecture of coronavirus double-membrane vesicle pore complex.
著者: Yixin Huang / Tongyun Wang / Lijie Zhong / Wenxin Zhang / Yu Zhang / Xiulian Yu / Shuofeng Yuan / Tao Ni /
要旨: Coronaviruses remodel the intracellular host membranes during replication, forming double-membrane vesicles (DMVs) to accommodate viral RNA synthesis and modifications. SARS-CoV-2 non-structural ...Coronaviruses remodel the intracellular host membranes during replication, forming double-membrane vesicles (DMVs) to accommodate viral RNA synthesis and modifications. SARS-CoV-2 non-structural protein 3 (nsp3) and nsp4 are the minimal viral components required to induce DMV formation and to form a double-membrane-spanning pore, essential for the transport of newly synthesized viral RNAs. The mechanism of DMV pore complex formation remains unknown. Here we describe the molecular architecture of the SARS-CoV-2 nsp3-nsp4 pore complex, as resolved by cryogenic electron tomography and subtomogram averaging in isolated DMVs. The structures uncover an unexpected stoichiometry and topology of the nsp3-nsp4 pore complex comprising 12 copies each of nsp3 and nsp4, organized in 4 concentric stacking hexamer rings, mimicking a miniature nuclear pore complex. The transmembrane domains are interdigitated to create a high local curvature at the double-membrane junction, coupling double-membrane reorganization with pore formation. The ectodomains form extensive contacts in a pseudo-12-fold symmetry, belting the pore complex from the intermembrane space. A central positively charged ring of arginine residues coordinates the putative RNA translocation, essential for virus replication. Our work establishes a framework for understanding DMV pore formation and RNA translocation, providing a structural basis for the development of new antiviral strategies to combat coronavirus infection.
履歴
登録2024年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年9月18日-
現状2024年9月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39111.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local resolution map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.88 Å/pix.
x 128 pix.
= 240.64 Å		1.88 Å/pix.
x 128 pix.
= 240.64 Å		1.88 Å/pix.
x 128 pix.
= 240.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報1.5711.5711.571
CCP4マップ ヘッダ情報1.881.881.88
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23
最小 - 最大-4.083556 - 6.000817
平均 (標準偏差)0.0000015573632 (±0.12533948)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 452.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39111_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_39111_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex

全体名称: SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex

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超分子 #1: SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex

超分子名称: SARS-CoV-2 nsp3-4 pore complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMTris-HClTris hydrochloride
1.0 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid

詳細: 150mM NaCl, 10mM Tris-HCl, 1mM EDTA
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
詳細: The tilt-series were acquired using Thermofisher Krios equipped with a Falcon 4i camera and Selectris energy filter. A dose-symmetric scheme (group of 2) was used, with a tilt range of -51 to ...詳細: The tilt-series were acquired using Thermofisher Krios equipped with a Falcon 4i camera and Selectris energy filter. A dose-symmetric scheme (group of 2) was used, with a tilt range of -51 to 51 (or -60 to 60) at 3 increments and an exposure dose of 3 e-/A2 per image. The total dose was 105 (or 123) e-/A2.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Falcon 4i Selectris X energy filter
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. v4) / 使用したサブトモグラム数: 21715
抽出トモグラム数: 4746 / 使用した粒子像数: 598699 / 参照モデル: EMD-11514 / ソフトウェア - 名称: emClarity (ver. v1.6.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. v4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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