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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3873 | ||||||||||||
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タイトル | The structure of Ebola virus nucleocapsid from virions | ||||||||||||
マップデータ | Subtomogram averaging of Ebola virus nucleocapsid within intact virions | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wan W / Kolesnikova L / Clarke M / Koehler A / Noda T / Becker S / Briggs JAG | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structure and assembly of the Ebola virus nucleocapsid. 著者: William Wan / Larissa Kolesnikova / Mairi Clarke / Alexander Koehler / Takeshi Noda / Stephan Becker / John A G Briggs / 要旨: Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles ...Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles virus, and respiratory syncytial virus. Mononegaviruses have non-segmented, single-stranded negative-sense RNA genomes that are encapsidated by nucleoprotein and other viral proteins to form a helical nucleocapsid. The nucleocapsid acts as a scaffold for virus assembly and as a template for genome transcription and replication. Insights into nucleoprotein-nucleoprotein interactions have been derived from structural studies of oligomerized, RNA-encapsidating nucleoprotein, and cryo-electron microscopy of nucleocapsid or nucleocapsid-like structures. There have been no high-resolution reconstructions of complete mononegavirus nucleocapsids. Here we apply cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the structure of Ebola virus nucleocapsid within intact viruses and recombinant nucleocapsid-like assemblies. These structures reveal the identity and arrangement of the nucleocapsid components, and suggest that the formation of an extended α-helix from the disordered carboxy-terminal region of nucleoprotein-core links nucleoprotein oligomerization, nucleocapsid condensation, RNA encapsidation, and accessory protein recruitment. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3873.map.gz | 24.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3873-v30.xml emd-3873.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3873.png | 149.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3873 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3873_validation.pdf.gz | 256.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3873_full_validation.pdf.gz | 255.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3873_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3873 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram averaging of Ebola virus nucleocapsid within intact virions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976
全体 | 名称: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976
超分子 | 名称: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Virus was isolated from infected VeroE6 cells. Purified viruses were fixed with paraformaldehyde. NCBI-ID: 128952 / 生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Nucleocapsid / 直径: 280.0 Å |
-分子 #1: Ebola virus nucleoprotein
分子 | 名称: Ebola virus nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) |
配列 | 文字列: MDSRPQKIWM APSLTESDMD YHKILTAGLS VQQGIVRQRV IPVYQVNNLE EICQLIIQAF EAGVDFQES ADSFLLMLCL HHAYQGDYKL FLESGAVKYL EGHGFRFEVK KRDGVKRLEE L LPAVSSGK NIKRTLAAMP EEETTEANAG QFLSFASLFL PKLVVGEKAC ...文字列: MDSRPQKIWM APSLTESDMD YHKILTAGLS VQQGIVRQRV IPVYQVNNLE EICQLIIQAF EAGVDFQES ADSFLLMLCL HHAYQGDYKL FLESGAVKYL EGHGFRFEVK KRDGVKRLEE L LPAVSSGK NIKRTLAAMP EEETTEANAG QFLSFASLFL PKLVVGEKAC LEKVQRQIQV HA EQGLIQY PTAWQSVGHM MVIFRLMRTN FLIKFLLIHQ GMHMVAGHDA NDAVISNSVA QAR FSGLLI VKTVLDHILQ KTERGVRLHP LARTAKVKNE VNSFKAALSS LAKHGEYAPF ARLL NLSGV NNLEHGLFPQ LSAIALGVAT AHGSTLAGVN VGEQYQQLRE AATEAEKQLQ QYAES RELD HLGLDDQEKK ILMNFHQKKN EISFQQTNAM VTLRKERLAK LTEAITAASL PKTSGH YDD DDDIPFPGPI NDDDNPGHQD DDPTDSQDTT IPDVVVDPDD GSYGEYQSYS ENGMNAP DD LVLFDLDEDD EDTKPVPNRS TKGGQQKNSQ KGQHIEGRQT QSRPIQNVPG PHRTIHHA S APLTDNDRRN EPSGSTSPRM LTPINEEADP LDDADDETSS LPPLESDDEE QDRDGTSNR TPTVAPPAPV YRDHSEKKEL PQDEQQDQDH TQEARNQDSD NTQSEHSFEE MYRHILRSQG PFDAVLYYH MMKDEPVVFS TSDGKEYTYP DSLEEEYPPW LTEKEAMNEE NRFVTLDGQQ F YWPVMNHK NKFMAILQHH Q |
-分子 #2: Ebola virus VP24
分子 | 名称: Ebola virus VP24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) |
配列 | 文字列: MAKATGRYNL ISPKKDLEKG VVLSDLCNFL VSQTIQGWKV YWAGIEFDVT HKGMALLHRL KTNDFAPAW SMTRNLFPHL FQNPNSTIES PLWALRVILA AGIQDQLIDQ SLIEPLAGAL G LISDWLLT TNTNHFNMRT QRVKEQLSLK MLSLIRSNIL KFINKLDALH ...文字列: MAKATGRYNL ISPKKDLEKG VVLSDLCNFL VSQTIQGWKV YWAGIEFDVT HKGMALLHRL KTNDFAPAW SMTRNLFPHL FQNPNSTIES PLWALRVILA AGIQDQLIDQ SLIEPLAGAL G LISDWLLT TNTNHFNMRT QRVKEQLSLK MLSLIRSNIL KFINKLDALH VVNYNGLLSS IE IGTQNHT IIITRTNMGF LVELQEPDKS AMNRMKPGPA KFSLLHESTL KAFTQGSSTR MQS LILEFN SSLAI |
-分子 #3: Ebola virus VP35
分子 | 名称: Ebola virus VP35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) |
配列 | 文字列: MTTRTKGRGH TAATTQNDRM PGPELSGWIS EQLMTGRIPV SDIFCDIENN PGLCYASQMQ QTKPNPKTR NSQTQTDPIC NHSFEEVVQT LASLATVVQQ QTIASESLEQ RITSLENGLK P VYDMAKTI SSLNRVCAEM VAKYDLLVMT TGRATATAAA TEAYWAEHGQ ...文字列: MTTRTKGRGH TAATTQNDRM PGPELSGWIS EQLMTGRIPV SDIFCDIENN PGLCYASQMQ QTKPNPKTR NSQTQTDPIC NHSFEEVVQT LASLATVVQQ QTIASESLEQ RITSLENGLK P VYDMAKTI SSLNRVCAEM VAKYDLLVMT TGRATATAAA TEAYWAEHGQ PPPGPSLYEE SA IRGKIES RDETVPQSVR EAFNNLNSTT SLTEENFGKP DISAKDLRNI MYDHLPGFGT AFH QLVQVI CKLGKDSNSL DIIHAEFQAS LAEGDSPQCA LIQITKRVPI FQDAAPPVIH IRSR GDIPR ACQKSLRPVP PSPKIDRGWV CVFQLQDGKT LGLKI |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Virus was purified into Dulbecco's modified Eagle's medium (DMEM) with 4% paraformaldehyde |
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グリッド | モデル: C-flat 2/1 3C / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: -10 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3708 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3708 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-5 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 2.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |