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- EMDB-3867: Sacbrood virus of honeybee - expansion state II -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3867
タイトルSacbrood virus of honeybee - expansion state II
マップデータ
試料
  • ウイルス: Sacbrood virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: structural protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: structural protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: structural protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: minor capsid protein MiCP
キーワードempty particle / icosahedral virus particle / iflavirus / expanded particle / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis ...host cell membrane / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase ...Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Structural protein Vp1 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Sacbrood virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.25 Å
データ登録者Plevka P / Prochazkova M
資金援助 チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research CouncilFP/2007-2013 (355855) チェコ
European Molecular Biology OrganizationIG-3041 チェコ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Virion structure and genome delivery mechanism of sacbrood honeybee virus.
著者: Michaela Procházková / Tibor Füzik / Karel Škubník / Jana Moravcová / Zorica Ubiparip / Antonín Přidal / Pavel Plevka /
要旨: Infection by sacbrood virus (SBV) from the family Iflaviridae is lethal to honey bee larvae but only rarely causes the collapse of honey bee colonies. Despite the negative effect of SBV on honey ...Infection by sacbrood virus (SBV) from the family Iflaviridae is lethal to honey bee larvae but only rarely causes the collapse of honey bee colonies. Despite the negative effect of SBV on honey bees, the structure of its particles and mechanism of its genome delivery are unknown. Here we present the crystal structure of SBV virion and show that it contains 60 copies of a minor capsid protein (MiCP) attached to the virion surface. No similar MiCPs have been previously reported in any of the related viruses from the order Picornavirales. The location of the MiCP coding sequence within the SBV genome indicates that the MiCP evolved from a C-terminal extension of a major capsid protein by the introduction of a cleavage site for a virus protease. The exposure of SBV to acidic pH, which the virus likely encounters during cell entry, induces the formation of pores at threefold and fivefold axes of the capsid that are 7 Å and 12 Å in diameter, respectively. This is in contrast to vertebrate picornaviruses, in which the pores along twofold icosahedral symmetry axes are currently considered the most likely sites for genome release. SBV virions lack VP4 subunits that facilitate the genome delivery of many related dicistroviruses and picornaviruses. MiCP subunits induce liposome disruption in vitro, indicating that they are functional analogs of VP4 subunits and enable the virus genome to escape across the endosome membrane into the cell cytoplasm.
履歴
登録2017年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月18日-
マップ公開2018年7月18日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6eh1
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6eh1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3867.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 620.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 546 pix.
= 580.398 Å		1.06 Å/pix.
x 546 pix.
= 580.398 Å		1.06 Å/pix.
x 546 pix.
= 580.398 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.063 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 4.5 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.12586766 - 0.21891223
平均 (標準偏差)0.0012369186 (±0.010741303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-273-273-273
サイズ546546546
Spacing546546546
セルA=B=C: 580.398 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0631.0631.063
M x/y/z546546546
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z580.398580.398580.398
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-273-273-273
NC/NR/NS546546546
D min/max/mean-0.1260.2190.001

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添付データ

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添付マップデータ: emd 3867 additional.map

ファイルemd_3867_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sacbrood virus

全体名称: Sacbrood virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Sacbrood virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: structural protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: structural protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: structural protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: minor capsid protein MiCP

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超分子 #1: Sacbrood virus

超分子名称: Sacbrood virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Isolated from honeybee pupae / NCBI-ID: 89463 / 生物種: Sacbrood virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 278.86 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: structural protein VP1

分子名称: structural protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sacbrood virus (ウイルス)
分子量理論値: 24.27948 KDa
配列文字列: IKDILRRPVL LFNHVELDPD YTGFFIPIMP PSRMMQYKSG DKETSFQRLI GRTPQAAIMN LFRFWRGSLR YTIIIHSTDG HPIYVTHVP HTGNRVYGLM KVNNLHEYTK VPIFGCGLTT EMIIPSVNPS ICVEVPFDTE NNWAVTFDED AQRNYSWRDK G DTVTGHLV ...文字列:
IKDILRRPVL LFNHVELDPD YTGFFIPIMP PSRMMQYKSG DKETSFQRLI GRTPQAAIMN LFRFWRGSLR YTIIIHSTDG HPIYVTHVP HTGNRVYGLM KVNNLHEYTK VPIFGCGLTT EMIIPSVNPS ICVEVPFDTE NNWAVTFDED AQRNYSWRDK G DTVTGHLV VTPVVSVYMS VWVEAGDDFE VSNFYGPPSV KTNDWNYAFS DEH

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: structural protein VP2

分子名称: structural protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sacbrood virus (ウイルス)
分子量理論値: 20.360314 KDa
配列文字列:
WMPINSIRVT VNGKRNDLLA QYYIPEDFLS THAKCAPNTI PFETYVYGKY ELEMKFVANG NKFQCGKVII SVKFDSYQAD NINTGFQAA LSRPHIMLDL STNNEGVLKI PFRYHRAFVR NQTHKTATAG VRPGKFASIY VQVLSPLQTG EGGANDMFIR P FYRYTRAE FAGMSYKVPL T

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: structural protein VP3

分子名称: structural protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sacbrood virus (ウイルス)
分子量理論値: 25.574461 KDa
配列文字列: DEPRTTLDIA RIWGLRSTFN WGSGDEHGKE LFNTVLDPGL RFYDQDYEGQ ITPMEYVTGL YNFWSGPIEL RFDFVSNAFH TGTVIISAE YNRSSTNTDE CQSHSTYTKT FHLGEQKSVH FTVPYIYDTV VRRNTASAYL PVTDYDKVDN VSRAQAMGIR A ESKMRVKV ...文字列:
DEPRTTLDIA RIWGLRSTFN WGSGDEHGKE LFNTVLDPGL RFYDQDYEGQ ITPMEYVTGL YNFWSGPIEL RFDFVSNAFH TGTVIISAE YNRSSTNTDE CQSHSTYTKT FHLGEQKSVH FTVPYIYDTV VRRNTASAYL PVTDYDKVDN VSRAQAMGIR A ESKMRVKV RVVNVLRPVA STTSTIEVLV YMRGGKNYAL HGLKQSTYWP SNSVVPIDSF PPDGYDP

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: minor capsid protein MiCP

分子名称: minor capsid protein MiCP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sacbrood virus (ウイルス)
分子量理論値: 3.107398 KDa
配列文字列:
DNPHRFLPAN VSNRWNEYSS AYLPRV

UniProtKB: Structural protein Vp1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 5.8
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClsodium chloride
2.7 mMKClpotassium chloride
10.0 mMNa2HPO4disodium phosphate
1.8 mMKH2PO4potassium phosphate
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Preliminar grid screening was performed manually on FEI Tecnai F20 (cryo stage).
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-16 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 74325 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 51000
詳細: Full virions were selected together with empty particles from the same set of micrographs. Subsequent 2D classification sorted the particles of two types. Full and empty particles were ...詳細: Full virions were selected together with empty particles from the same set of micrographs. Subsequent 2D classification sorted the particles of two types. Full and empty particles were further processed separately. Full particles classified in two types - expansion state I and II.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5cdc


詳細: Deposited IAPV model low pass filtered to resolution 40 A.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 5330
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: relion_refine_mpi
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 詳細: re-classification after initial 3D refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 268.71 / 当てはまり具合の基準: R-factor
得られたモデル

PDB-6eh1:
Sacbrood virus of honeybee - expansion state II

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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