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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 385d | ||||||||||||||||||
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タイトル | FORMATION OF A NEW COMPOUND IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF CYANOMORPHOLINODOXORUBICIN COMPLEXED WITH D(CGATCG) | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | N-ETHYLHYDROXY-DOXORUBICIN / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | データ登録者 | Ettorre, A. / Cirilli, M. / Ughetto, G. | 引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998 | タイトル: Degradation of the morpholino ring in the crystal structure of cyanomorpholinodoxorubicin complexed with d(CGATCG). 著者: Ettorre, A. / Cirilli, M. / Ughetto, G. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 385d.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb385d.ent.gz | 8.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 385d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 385d_validation.pdf.gz | 720.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 385d_full_validation.pdf.gz | 728.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 385d_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 385d_validation.cif.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/85/385d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/85/385d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NOD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→8 Å / Num. obs: 3509 / Biso Wilson estimate: 9.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 8 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.67 Å / % possible obs: 88.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→8 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.206 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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