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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38077 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ATP-bound FtsE(E163Q)X | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | abc transporter / cell division / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 division septum / divisome complex / Gram-negative-bacterium-type cell wall / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / extrinsic component of membrane / ATPase complex / cell division site ...division septum / divisome complex / Gram-negative-bacterium-type cell wall / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / extrinsic component of membrane / ATPase complex / cell division site / positive regulation of cell division / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / cell division / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang ZY / Chen YT | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2024 タイトル: Structure and activity of the septal peptidoglycan hydrolysis machinery crucial for bacterial cell division. 著者: Yatian Chen / Jiayue Gu / Biao Yang / Lili Yang / Jie Pang / Qinghua Luo / Yirong Li / Danyang Li / Zixin Deng / Changjiang Dong / Haohao Dong / Zhengyu Zhang / 要旨: The peptidoglycan (PG) layer is a critical component of the bacterial cell wall and serves as an important target for antibiotics in both gram-negative and gram-positive bacteria. The hydrolysis of ...The peptidoglycan (PG) layer is a critical component of the bacterial cell wall and serves as an important target for antibiotics in both gram-negative and gram-positive bacteria. The hydrolysis of septal PG (sPG) is a crucial step of bacterial cell division, facilitated by FtsEX through an amidase activation system. In this study, we present the cryo-EM structures of Escherichia coli FtsEX and FtsEX-EnvC in the ATP-bound state at resolutions of 3.05 Å and 3.11 Å, respectively. Our PG degradation assays in E. coli reveal that the ATP-bound conformation of FtsEX activates sPG hydrolysis of EnvC-AmiB, whereas EnvC-AmiB alone exhibits autoinhibition. Structural analyses indicate that ATP binding induces conformational changes in FtsEX-EnvC, leading to significant differences from the apo state. Furthermore, PG degradation assays of AmiB mutants confirm that the regulation of AmiB by FtsEX-EnvC is achieved through the interaction between EnvC-AmiB. These findings not only provide structural insight into the mechanism of sPG hydrolysis and bacterial cell division, but also have implications for the development of novel therapeutics targeting drug-resistant bacteria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38077.map.gz | 167.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38077-v30.xml emd-38077.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38077_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38077.png | 89 KB | ||
マスクデータ | emd_38077_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-38077.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_38077_half_map_1.map.gz emd_38077_half_map_2.map.gz | 165.1 MB 165.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38077 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38077 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38077_validation.pdf.gz | 790.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38077_full_validation.pdf.gz | 790.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38077_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38077_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38077 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38077 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8x61MC 8y3xC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38077.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_38077_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38077_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38077_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : cell division complex FtsEX
全体 | 名称: cell division complex FtsEX |
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要素 |
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-超分子 #1: cell division complex FtsEX
超分子 | 名称: cell division complex FtsEX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) |
-分子 #1: Cell division ATP-binding protein FtsE
分子 | 名称: Cell division ATP-binding protein FtsE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 24.475295 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIRFEHVSKA YLGGRQALQG VTFHMQPGEM AFLTGHSGAG KSTLLKLICG IERPSAGKIW FSGHDITRLK NREVPFLRRQ IGMIFQDHH LLMDRTVYDN VAIPLIIAGA SGDDIRRRVS AALDKVGLLD KAKNFPIQLS GGEQQRVGIA RAVVNKPAVL L ADQPTGNL ...文字列: MIRFEHVSKA YLGGRQALQG VTFHMQPGEM AFLTGHSGAG KSTLLKLICG IERPSAGKIW FSGHDITRLK NREVPFLRRQ IGMIFQDHH LLMDRTVYDN VAIPLIIAGA SGDDIRRRVS AALDKVGLLD KAKNFPIQLS GGEQQRVGIA RAVVNKPAVL L ADQPTGNL DDALSEGILR LFEEFNRVGV TVLMATHDIN LISRRSYRML TLSDGHLHGG VGHE UniProtKB: Cell division ATP-binding protein FtsE |
-分子 #2: Cell division protein FtsX
分子 | 名称: Cell division protein FtsX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 38.5835 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNKRDAINHI RQFGGRLDRF RKSVGGSGDG GRNAPKRAKS SPKPVNRKTN VFNEQVRYAF HGALQDLKSK PFATFLTVMV IAISLTLPS VCYMVYKNVN QAATQYYPSP QITVYLQKTL DDDAAAGVVA QLQAEQGVEK VNYLSREDAL GEFRNWSGFG G ALDMLEEN ...文字列: MNKRDAINHI RQFGGRLDRF RKSVGGSGDG GRNAPKRAKS SPKPVNRKTN VFNEQVRYAF HGALQDLKSK PFATFLTVMV IAISLTLPS VCYMVYKNVN QAATQYYPSP QITVYLQKTL DDDAAAGVVA QLQAEQGVEK VNYLSREDAL GEFRNWSGFG G ALDMLEEN PLPAVAVVIP KLDFQGTESL NTLRDRITQI NGIDEVRMDD SWFARLAALT GLVGRVSAMI GVLMVAAVFL VI GNSVRLS IFARRDSINV QKLIGATDGF ILRPFLYGGA LLGFSGALLS LILSEILVLR LSSAVAEVAQ VFGTKFDING LSF DECLLL LLVCSMIGWV AAWLATVQHL RHFTPE UniProtKB: Cell division protein FtsX |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |